Pomysł od razu wywołał debatę, ponieważ wprowadzeniu przedmiotu wcześniej towarzyszyła fala sprzeciwów ze strony rodziców, nauczycieli oraz środowisk kościelnych. Krytycy ostrzegali, że rząd wprowadza do szkół „permisywną edukację seksualną”, a Instytut Ordo Iuris zarzucał MEN próby przemycenia kontrowersyjnych treści „tylnymi drzwiami”.

Paulina Piechna-Więckiewicz w wywiadzie podkreśla, że jej zdaniem przedmiot odpowiada na realne potrzeby uczniów.

— Edukacja zdrowotna jako przedmiot jest wspaniała. Oferuje wszystkie możliwości związane z profilaktyką zdrowia, ochroną dzieci, zapobieganiem przemocy seksualnej i dbaniem o zdrowie psychiczne — przekonuje wiceminister.

Dodała, że decyzje o ewentualnym wprowadzeniu obowiązkowości muszą zostać podjęte „w pierwszych trzech miesiącach przyszłego roku”, z uwagi na kalendarz legislacyjny.

Dane, które przedstawił resort Barbary Nowackiej, pokazują, że zainteresowanie przedmiotem znacząco różni się między typami szkół.

Najwyższy poziom uczestnictwa odnotowano w szkołach podstawowych - 804 539 uczniów, czyli 40,36 proc. uprawnionych.

W liceach ogólnokształcących zajęcia wybrało jedynie 10,08 proc. uczniów, w technikach 7,78 proc., a w szkołach branżowych I stopnia 14,40 proc..
To wyniki zdecydowanie niższe, niż oczekiwało ministerstwo, które zakładało stopniową popularyzację nowego przedmiotu.

Najostrzej zmiany krytykuje Instytut Ordo Iuris. Organizacja wskazuje, że w nowej podstawie programowej pojawiły się treści dotyczące orientacji psychoseksualnej, tożsamości płciowej i stereotypów płciowych, co – ich zdaniem – stanowi próbę wprowadzenia do polskich szkół zachodnich modeli „permisywnej edukacji seksualnej”.

Ordo Iuris apeluje, by ministerstwo wycofało się z projektu obowiązkowości, argumentując, że przedmiot narusza prawa rodziców do decydowania o wychowaniu dzieci.

Przed wejściem przedmiotu do szkół Barbara Nowacka planowała, by edukacja zdrowotna od razu była obowiązkowa. Sprzeciw PSL – jednego z koalicjantów – oraz silne reakcje rodziców i środowisk katolickich doprowadziły jednak do przyjęcia formuły zajęć dobrowolnych.
Zapowiedzi Piechny-Więckiewicz wskazują, że ministerstwo zamierza ponownie wrócić do pierwotnego planu.