Rosyjscy śledczy twierdzą, że fundacje działają pod wpływem polskich władz, NATO i Rady Europy. W ocenie prokuratury ich działania mają rzekomo na celu destabilizację rosyjskiej gospodarki, ograniczenie potencjału militarnego oraz prowadzenie wojny informacyjnej. Moskwa zarzuca fundacjom także wspieranie Ukrainy oraz udział w projektach mających sprzyjać rozszerzaniu struktur NATO na Wschód. Jest to już kolejny przypadek wpisania organizacji z państw zachodnich na listę tzw. „niepożądanych” w Rosji.

Dodatkowo polskim organizacjom przypisuje się celowe „zniekształcanie” historii II wojny światowej oraz pomniejszanie znaczenia Związku Sowieckiego w powojennej Europie. Rosyjska prokuratura twierdzi ponadto, że fundacje współpracują z radykalną opozycją i zagranicznymi agentami.