Dla sprawniejszych rządów Leowigild oddał Hermenegildowi w zarząd Hiszpanię, a sam pozostał w Galii. Królewicz w tym czasie ożenił się i miał syna. Zamieszkał w Sewilli. Oboje z żoną nie tylko nie przeszli na arianizm, ale ze wszystkich sił popierali Kościół katolicki. To stało się przyczyną konfliktu z ojcem. Leowigild wydał dekret, nakazujący wszystkim poddanym przejście na arianizm (580). Co więcej, zebrał synod i zmusił biskupów, by potwierdzili jego uchwałę. Zaczęło się formalne prześladowanie opornych: skazywano ich na więzienie i banicję. Jednak katolicka Sewilla i jej okolice stawiły zbrojny opór.

Doszło do wojny domowej, która dla Hermenegilda skończyła się klęską. Cesarz wschodnio-rzymski, który przez wygnanego z kraju św. Leandra przyrzekł pomoc, skuszony okupem zaofiarowanym przez Leowigilda, zostawił katolików samych swemu losowi. Po dwóch latach wojny Hermenegild usiłował ratować się ucieczką do Kordoby. Ojciec zdobył miasto i skazał syna na wygnanie do Walencji. Hermenegild nie czuł się tam jednak bezpieczny i usiłował uciec. Został wszakże pochwycony i uwięziony w Tarragonie. Tu ojciec usiłował wszelkimi sposobami nakłonić syna do odstępstwa od wiary: obietnicami, groźbami, a nawet męką. W roku 586 posłał król do syna, do więzienia, ariańskiego biskupa z Komunią wielkanocną. Jej przyjęcie Leowigild traktował jako znak pogodzenia się z losem i przyjęcia arianizmu. Kiedy zaś Hermenegild stanowczo odmówił, w sam dzień Wielkanocy został zamordowany.

Krew bohatera nie poszła jednak na marne. Brat św. Hermenegilda, Rekared, po śmierci Leowigilda, która nastąpiła rychło po męczeństwie Hermenegilda, przywrócił katolicyzm w całym państwie.

O Hermenegildzie pisali opat z Biclaro i św. Izydor z Sewilli (+ 636). Św. Grzegorz I Wielki (+ 604) poświęcił mu osobny rozdział w swoich Dialogach.

Kult królewicza nie powstał samorzutnie zaraz po śmierci, jak to się zwykle dzieje - na większą skalę rozpoczął się bowiem dopiero w wieku XII. Król Filip II wniósł prośbę do Stolicy Apostolskiej o kanonizację. Dokonał jej papież Sykstus V w 1586 roku - a więc dopiero w 1000 lat po śmierci Świętego. Papież wyznaczył również dzień 13 kwietnia na doroczną pamiątkę i wspomnienie św. Hermenegilda. Papież Urban VIII rozciągnął to wspomnienie na cały Kościół (1636). Także Grecy obchodzą dzień męczeństwa Hermenegilda 30 października, a Ormianie - 29 marca. To piękny i wymowny ślad dawnej jedności Kościoła.