„Właściwie przez ostatnie kilkanaście lat, od momentu, gdy zaczął drążyć tematy lustracyjne, był wyklęty w polskim Kościele. Stał się taką czarną owcą i kimś, kogo na dobrą sprawę wyrzucono poza Kościół. Prawie 100 proc. duchownych w Polsce nie chciało słyszeć o ks. Tadeuszu i życzyło mu jak najgorzej. Często pod jego adresem wypowiadane były bardzo wulgarne słowa. Sam byłem świadkiem takich kościelnych rozmów i było to coś okropnego” - mówił w wywiadzie dla Deon TV ks. Kobyliński.

Jak podkreślił ks. prof. Andrzej Kobyliński, na ks. Isakowicza-Zaleskiego zostały również nałożone „konkretne sankcje”, takie, jak choćby „zakneblowanie na pewien czas, poprzez zakaz wypowiedzi publicznych, czy też bardzo dotkliwy zakaz głoszenia kazań w Archidiecezji Krakowskiej”.

Wykładowca warszawskiego Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego stwierdził, że „był to co prawda zakaz nieformalny, ale duchowni na terenie archidiecezji doskonale wiedzieli, że jej władze nie życzą sobie, aby ks. Tadeusz głosił kazania”.

„I do końca jego życia ten zakaz obowiązywał. Przez prawie 20 lat bycia kapłanem Archidiecezji Krakowskiej, ks. Isakowicz-Zaleski nie mógł głosić kazań w świątyniach tej archidiecezji. Podobnie zresztą było w innych polskich diecezjach. Bywał nawet nie dopuszczany do sprawowania Eucharystii w miejscach, w których przebywał gościnnie” – mówił ks. prof. Kobyliński.

„Ta nienawiść, wrogość i ostracyzm towarzyszyły mu w polskim Kościele do samego końca. I nie chodzi tu tylko o władze kościelne, ale również proboszczów, wikarych, infułatów. Prawie nigdy nie spotkałem się wśród polskiego duchowieństwa z pozytywnymi opiniami na temat ks. Tadeusza, a jeśli już to były to naprawdę bardzo nieliczne wyjątki. A już publicznych wypowiedzi pod nazwiskiem polskich duchownych, którzy odważyliby się pozytywnie wypowiedzieć o ks. Isakowiczu-Zaleskim lub choćby stanąć w jego obronie - praktycznie nie było” - skonstatował w rozmowie z Tomaszem Terlikowskim ks. Andrzej Kobyliński.

Ks. prof. Kobyliński przekonywał, że dla wielu osób skrzywdzonych w Kościele ks. Tadeusz Isakowicz-Zaleski był „taką ostatnią deską ratunku”.

Kapłan relacjonował, że niemal co chwilę ktoś do ks. Tadeusza dzwonił, a on bardzo często pisał w tych trudnych sprawach polskiego Kościoła do Watykanu

„Był najpiękniejszą twarzą Kościoła katolickiego w Polsce” - opisał ks. Tadeusza Isakowicza-Zaleskiego ks. prof. Kobyliński.