Niecały miesiąc później, 3 marca 1982 roku, Emil Barchański został zatrzymany przez funkcjonariuszy Służby Bezpieczeństwa. Według relacji świadków i późniejszych ustaleń był brutalnie przesłuchiwany i bity. Mimo młodego wieku nie wyrzekł się swoich przekonań i nie obciążył kolegów. Zapłacił za to najwyższą cenę.
5 czerwca 1982 roku z Wisły wyłowiono ciało nastolatka. Oficjalna wersja śmierci nigdy nie rozwiała wątpliwości, a okoliczności tragedii do dziś pozostają symbolem bezkarności komunistycznych oprawców. W pamięci wielu Polaków Emil Barchański zapisał się jako ofiara systemu, który nie cofał się nawet przed przemocą wobec dzieci.
„Cześć Jego Pamięci” – to słowa, które co roku powracają w rocznice jego śmierci. Historia Emila Barchańskiego przypomina, że wolność w Polsce nie była dana raz na zawsze i że nawet najmłodsi potrafili stawić opór totalitarnej władzy. Jest też bolesnym oskarżeniem wobec tych, którzy budowali i chronili aparat represji PRL.
