21 stycznia 1989 roku ksiądz Stefan Niedzielak, proboszcz parafii św. Karola Boromeusza na Powązkach, kapelan AK, uczestnik powstania warszawskiego, współzałożyciel Rodziny Katyńskiej nie zjawił się w kościele, by odprawić poranną mszę św. Ciało kapłana, na plebani przy ulicy Powązkowskiej, znaleźli wikary i kościelny.
Ksiądz Stefan Niedzielak urodził się 1 września 1914 roku w Podolszycach (obecnie dzielnica Płocka). Święcenia kapłańskie przyjął, z rąk biskupa Stanisława Galla, 23 czerwca 1940r. W latach wojennych pracował w parafiach Wiskitki, Bolimów i w Łowiczu. Był także kapelanem Armii Krajowej: jako kurier przewoził zaszyfrowane wiadomości do ks. kardynała Adama Sapiehy, współpracował z delegaturą rządu na Kraj na województwo łódzkie. Dzięki dokumentom Czerwonego Krzyża zapoznał się z raportem na temat zbrodni w Katyniu, poznając dokładnie okoliczności mordu na polskich oficerach.
1945 roku, widząc wchodzące do Polski wojska sowieckie, stwierdził: „tracimy na długie lata niepodległość, boję się, że nie doczekam wolnej Ojczyzny.” Po zakończeniu okupacji niemieckiej wstąpił do antykomunistycznego Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość." Aresztowany przez bezpiekę. Po wyjściu na wolność uczestniczył w odbudowie zburzonych, warszawskich świątyń pw. Świętej Trójcy na Solcu oraz Wszystkich Świętych na placu Grzybowskim.
Od 1956 r. ks. Niedzielak pełnił funkcję rektora kościoła pw. św. Karola Boromeusza na Powązkach oraz dyrektora cmentarzy warszawskich. Funkcja ta pozwoliła mu poznać prawdę o tajnych pochówkach ofiar komunistycznego terroru przeprowadzanych przez Urząd Bezpieczeństwa. Spotykał się z rodzinami zamordowanych oraz świadkami zbrodni.
Dzięki ks. Stefanowi Niedzielakowi wybudowano Sanktuarium Poległych na Wschodzie przy kościele św. Karola Boromeusza. Z jego inicjatywy w ścianę świątyni wmurowano pomnik krzyż i blisko tysiąc tabliczek ku czci ofiar zbrodni katyńskiej, pamiątkowe tablice poświęcone dowódcom Armii Krajowej na Kresach Wschodnich, a w głównym ołtarzu umieszczono replikę obrazu Matki Bożej Kozielskiej. Niewykluczone, że to dzieło było przyczyną morderstwa. Kapłan znany był z płomiennych kazań z okazji rocznic narodowych, takich jak 3 maja, 15 sierpnia, 17 września, 11 listopada. Tym samym budził patriotyczne uczucia wśród wiernych. Staraniem ks. Niedzielaka, w 1981 roku, na Cmentarzu Powązkowskim ustawiono Krzyż Katyński, przypominający sowiecką zbrodnię. Już następnej nocy krzyż został usunięty przez tak zwanych "nieznanych sprawców".
"Przestań rozrabiać, bo zginiesz jak Popiełuszko" brzmiały pogróżki jakie otrzymywał ks. Niedzielak. W nocy z 20 na 21 stycznia 1989 r, ks. Stefan Niedzielak został zamordowany. Na zwłokach kapłana jak również na futrynie, klamce i drzwiach do jego mieszkania zabezpieczono odciski palców. Dla pozoru zaczęto sprawdzać, czy nie należą one do znajomych księdza. Na miejscu zbrodni znaleziono gumową rękawiczkę. Według śledczych należała ona do lekarzy pogotowia, którzy pierwsi przybyli na miejsce zbrodni. Przesłuchiwani lekarze zaprzeczali jednak, aby ktokolwiek z personelu nosił gumowe rękawiczki. Zabezpieczone zostały także ślady butów na podłodze mieszkania i na ścianie na zewnątrz budynku. Ich układ wskazywał, że w noc zbrodni ktoś stał przy oknie i obserwował księdza. Niestety żadna z tych informacji w 1989 r. nie zainteresowała warszawskich prokuratorów.
Dzień przed pogrzebem kapłana, 25 stycznia 1989r. otwarto jego prywatny sejf. Znaleziono w nim najcenniejszy skarb współzałożyciela Rodziny Katyńskiej: urnę z ziemią katyńską. Mogło się wydawać, że pod koniec życia księdza Niedzielaka komunizm w Polsce był coraz słabszy. Nie odczuwał tego jednak niezłomny kapłan, który stał się obiektem represji, otrzymywał liczne pogróżki. W ostatnich zapiskach pozostawił słowa, iż wybacza swym prześladowcom.
26 stycznia 1989r. kard. Józef Glemp przewodniczył uroczystościom pogrzebowym ks. Niedzielaka. Niezłomnego kapłana żegnali: żołnierze AK, WiNu, harcerze, lekarze, aktorzy, działacze Solidarności oraz nieprzebrane tłumy warszawiaków. Zdzisław Szpakowski, wykładowca KULu, żegnający kapłana w imieniu żołnierzy AK i zbrojnego podziemia powiedział: „Dzięki Tobie, Księże Stefanie, tu w tej świątyni głosiliśmy prawdę. Przywracaliśmy cześć organizacjom Polski Niepodległej, ludziom, którzy do końca walczyli o prawo do niepodległości. Dzięki Twojej niestrudzonej odwadze i działalności pomagaliśmy wrócić na karty historii, tym, których sponiewierano, opluto, zniszczono, wypędzono z kart historii narodowej. Dzięki Tobie nie tylko głosiliśmy prawdę, tę prawdę wykuliśmy w kamieniu w Sanktuarium Narodowym, jakie tu na ścianach świątyni, którą zarządzałeś powstało.”
Zabójców kapłana nigdy nie ujęto. Śledztwo umorzono w 1990 roku.
Od 2001 r. prowadzący ponowne śledztwo w sprawie IPN zwrócił się do warszawskiej prokuratury okręgowej o przekazanie dowodów rzeczowych. Okazało się jednak, że nie odnaleziono ich ani w prokuraturze, ani w Komendzie Stołecznej MO.
W 2009 r. prokuratura przyznała, że z akt sprawy zabójstwa ks. Niedzielaka zniknęły najważniejsze dowody: materiał zabezpieczony podczas sekcji zwłok, ślady zabezpieczone na miejscu zdarzenia, a nawet karty daktyloskopijne. Te ostatnie mogły zawierać odciski palców osób wytypowanych jako podejrzane o udział w zbrodni.
„Przez lata technika kryminalistyczna znacznie się rozwinęła i planowaliśmy zbadanie dowodów na nowoczesnym sprzęcie. Teraz jest większa możliwość uzyskania DNA czy dokładnego zbadania innych śladów. Okazało się, że dowody zniknęły” – skomentował wówczas sprawę na antenie TVP Info jeden z prokuratorów IPN. Śledztwo w sprawie zaginięcia dowodów zostało umorzone w 2009 roku z powodu braku dostatecznych danych uzasadniających podejrzenie popełnienia przestępstwa.
Instytut Pamięci Narodowej w 2006 roku zorganizował wystawę pt. „Ofiary stanu wojennego”. Przedstawiała ona sylwetki 56 ofiar pacyfikacji kopalń, demonstracji, pobić na komisariatach i ulicach, a także osób, które zaszczute przez SB popełniły samobójstwo. Jednym z bohaterów wystawy był ks. Stefan Niedzielak.
Agata Bruchwald