Jednym z najbardziej kontrowersyjnych elementów jego twórczości było odczytywanie przekazów religijnych w kluczu pozaziemskim. Däniken sugerował, że opisy „bogów” w Biblii, mitologii mezopotamskiej czy tekstach indyjskich mogą być w rzeczywistości relacjami ze spotkań z technologicznie zaawansowaną cywilizacją. Arka przymierza, ogniste rydwany proroków czy „zstępujący z nieba” nauczyciele ludzkości miały – w jego interpretacji – odpowiadać pojazdom, broni lub urządzeniom nieznanej technologii.

Autor wielokrotnie podkreślał jednak w wywiadach, że nie zamierza „niszczyć religii”, lecz – jak twierdził – proponuje jej nowe odczytanie. W jego ujęciu dawni ludzie mieli brać astronautów za bogów, co z czasem przekształciło się w systemy wierzeń. Krytycy odpowiadali, że takie podejście redukuje duchowy wymiar religii do błędnego rozpoznania technologii i ignoruje kontekst kulturowy oraz symboliczny dawnych tekstów.

Sam Däniken oficjalnie nie deklarował się jako wojujący ateista. W autobiograficznych wypowiedziach i książkach pisał raczej o sceptycyzmie wobec tradycyjnych dogmatów oraz o przekonaniu, że ludzkość wciąż nie rozumie własnych początków. Zamiast klasycznej teologii proponował wizję, w której „bogowie” byli istotami cielesnymi, podlegającymi prawom fizyki, a nie bytami nadprzyrodzonymi.

Taka perspektywa wywoływała sprzeciw zarówno teologów, jak i archeologów. Zarzucano mu dowolność interpretacji, pomijanie ustaleń naukowych oraz budowanie atrakcyjnych narracji bez solidnej podstawy źródłowej. W XX wieku powstały liczne publikacje polemiczne, które punkt po punkcie kwestionowały jego wnioski dotyczące piramid, świątyń w Ameryce Południowej czy starożytnych map nieba.

W XXI wieku jego teorie były już w dużej mierze traktowane jako element popkultury i przykład pseudonauki, jednak wpływ Dänikena na wyobraźnię masową pozostaje niepodważalny. Zainspirował programy telewizyjne, filmy i liczne książki, a debata o relacji między nauką, wiarą i tajemnicami przeszłości trwa do dziś.

Dlaczego zatem świat chciał w to wierzyć?

Jak zauważa na łamach portalu rp.pl, Marek Oramus, popularność Dänikena zbiegła się z epoką wyścigu kosmicznego i rosnącej fascynacji UFO. Lądowanie ludzi na Księżycu, rozwój technologii i atmosfera zimnowojennej rywalizacji sprzyjały wizjom, że Wszechświat może być pełen inteligentnych cywilizacji. Autor „Rydwanów bogów” oferował czytelnikom prostą i efektowną odpowiedź na pytania o pochodzenie ludzkości, łącząc naukowo brzmiący język z sensacyjną interpretacją zabytków. Z rzeczywistością najczęściej jednak miało to niewiele wspólnego.