Portal „Infovaticana” opublikował oświadczenie kard. Müllera, w którym stwierdził on, że „przedrukowanie tej historii, która już się wyjaśniła dziewięć lat temu, nie ma oczywiście żadnego celu informacyjnego, ale wyraźnie oszczerczy”. Natomiast „łatwowierny czytelnik musi odnieść wrażenie, że kardynał Müller, jako prefekt w tamtym momencie, prowadził celowo wątpliwe działania finansowe kosztem Kongregacji Nauki Wiary”.

Jak z kolei kardynał powiedział „Die Tagepost”: „Gdyby ludzie uświadomili sobie, jak zrobił to kardynał Pell, że dykasteria nie straciła ostatecznie ani jednego centa, zaoszczędziliby sobie podawania na nowo dawno rozstrzygniętej już sprawy”. Tymczasem „The Pillar” podaje, że papież Franciszek polecił kard. Müllerowi „zwrócenie setek tysięcy euro swojemu własnemu departamentowi”, którym kierował w latach 2012-2017.

Według portalu „dziesiątki tysięcy euro” trzymano w szufladach Kongregacji, a urzędnicy używali tych pieniędzy bez pokwitowań według własnego uznania. Rzekomo zdeponowano też pieniądze Kongregacji w wysokości 200.000 euro na osobistym koncie kard. Müllera. Ówczesny prefekt miał też podarować swojemu „osobistemu przyjacielowi” zabytkowy stół konferencyjny używany do spotkań. Według „The Pillar” papież polecił kardynałowi zwrócenie właśnie „w przybliżeniu 200.000 euro”. Portal pisze też, że wysłał 30 VII kardynałowi zapytanie w tej sprawie, ale nie otrzymał w chwili publikacji odpowiedzi.

„The Pillar” nie twierdzi, że kard. Müller wykorzystał te fundusze do prywatnych celów, ale że złe zarządzanie było przyczyną, decyzji papieża Franciszka, by nie pozostawić go na stanowisku prefekta. Wbrew sugestiom komentatorów, iż powodem zwolnienia z funkcji był fakt, że niemiecki hierarcha należał do grupy konserwatywnych duchownych w Kurii Rzymskiej, takich jak kardynałowie George Pell, Raymond Burke czy Robert Sarah.

Kard. Müller zareagował szeregiem komunikatów dla mediów, oprócz oświadczenia publikowanego przez „Infovaticana”. W tym ostatnim oświadczeniu stwierdził, że „ekonomista, który spędził wiele lat w firmie, przerzucał pieniądze z jednego końca na drugi na kontach indywidualnych kongregacji i – choć nie było to nielegalne – trzymał pewną niezwykle dużą sumę w gotówce, ale nie pozwolił na to, by znikła jakakolwiek własność kongregacji”.

Michael Haynes z „Life Site News”, powołując się na własne źródło, potwierdza to oświadczenie kardynała. Według źródła „starzy pracownicy doprowadzali kardynała do trudności”, ale sam hierarcha „nie był zaangażowany w takie finansowe sprawy” i „nie miał dostępu do kont”. Kardynał powiedział „Life Site News” także, że nikt nie zlecał mu zwracania jakichkolwiek pieniędzy, gdyż podawana suma „i tak była własnością Kongregacji” i była to jedynie kwestia przeniesienia jej z jednego konta z powrotem na drugie, na którym znajdowała się wcześniej. Jak twierdzi: „Z jakiegoś powodu administrator przenosił pieniądze w tę i z powrotem bez mojej prośby, by tak zrobił”.

„Life Site News” kwestionuje też sugestie „The Pillar” jakoby kard. Pell miał nie ufać kard. Müllerowi po odkryciu, że pracownicy Kongregacji usiłowali wynieść z urzędu kilka plastykowych worków gotówki i zgłoszeniu tego faktu audytorowi generalnemu. Haynes powołuje się na własne źródła, które potwierdzają bliską współpracę obu kardynałów, która byłaby w takim przypadku niemożliwa, i szacunek, jakim kard. Pell darzył niemieckiego hierarchę. Nieżyjący już australijski duchowny miał „rozumieć sytuację, jak doszło do tych nieprawidłowości”.

„Po swoim odejściu z urzędu Müller wyłonił się jako publiczny krytyk papieża Franciszka – pisze „The Pillar” – twierdząc, że papież wypowiedział mnóstwo materialnych herezji i krytykując narastające zamieszanie wokół nauki wiary”. Michael Haynes zauważa jednak, że to stwierdzenie nie trzyma się faktów, gdyż kard. Müller już przed 2017 r. okazał się „głośnym przeciwnikiem pewnych heterodoksyjnych idei w Kościele bronionych przez papieża Franciszka i przez tych, którzy cieszyli się jego wsparciem”. Przytacza też na to przykłady wypowiedzi niemieckiego hierarchy z wcześniejszych lat, nawet jeśli jako prefekt „usiłował bagatelizować różnice między tradycyjnym nauczaniem a stanowiskiem ojca świętego”.

Zdaniem publicysty „Life Site News” przyczyna tego ataku na kard. Müllera może mieć związek z próbą dyskredytacji „potencjalnego papieskiego kandydata” i „głosu ortodoksji” krytycznego wobec kardynała Victora Manuela Fernandeza, obecnego prefekta Dykasterii Nauki Wiary.