Śledczy badają ustalenia NIK, które wskazują na możliwe przekroczenie uprawnień oraz niedopełnienie obowiązków przez dyrektora Urzędu Morskiego w Gdyni oraz ówczesnego ministra ds. gospodarki morskiej. Według raportu NIK, dyrektor urzędu morskiego zobowiązał się na wydatki przekraczające o blisko 160 milionów złotych całkowity budżet programu. Ponadto – czytamy - część środków miała być przeznaczona na cele niezwiązane bezpośrednio z realizacją inwestycji .
Według NIK minister ds. gospodarki morskiej miał nie uwzględnić realnych kosztów inwestycji i nie poinformował Rady Ministrów o wzroście kosztów o ponad 100%. Miało to spowodować utratę uzasadnienia ekonomicznego inwestycji. Minister miał również niewłaściwie nadzorować działania dyrektora urzędu morskiego, akceptując jego niezgodne z prawem decyzje.
Przekop przez Mierzeję Wiślaną, otwarty we wrześniu 2022 roku, zapewnił Polsce niezależne od Rosji przejście z Zalewu Wiślanego na Bałtyk. Całkowita długość drogi wodnej z Zatoki Gdańskiej przez Zalew Wiślany do Elbląga wynosi prawie 23 km, z czego przejście przez Zalew Wiślany ma nieco ponad 10 km, a reszta trasy obejmuje odcinki na rzece Elbląg oraz śluzę, port zewnętrzny i stanowisko postojowe. Kanał i tor wodny mają docelowo osiągnąć głębokość 5 metrów .
Warto zaznaczyć, że pomimo medialnych kontrowersji, otwarcie kanału żeglugowego przez Mierzeję Wiślaną ma solidne podstawy ekonomiczne. Chociaż parametry portu w Elblągu oraz nowej trasy żeglugowej nie dorównują możliwościom portu w Gdańsku, dają szansę na odciążenie większych, rozwijających się polskich portów oraz wspomagać rozwój regionalny.
