Jego wiedza i umiejętności zwróciły uwagę Pepina Krótkiego (przyszłego króla Franków), który zatrzymał go przez około 2 lata na swoim dworze. Ok. 743 r. Pepin wysłał Wirgiliusza z listami polecającymi do swego kuzyna, księcia bawarskiego Odylona. Ten ostatni powierzył Wirgiliuszowi zarządzanie osieroconym biskupstwem w Salzburgu. Irlandzkim zwyczajem rządził diecezją będąc jednocześnie opatem klasztoru św. Piotra (założonego w 696 r. przez św. Ruperta - istniejącego do dziś - najstarszego klasztoru benedyktyńskiego na obszarze niemieckojęzycznym).

Wobec takiego obrotu spraw Wirgiliusz zrezygnował z wyprawy do Ziemi Świętej i poszedł w ślady św. Ruperta, pierwszego apostoła Austrii. Wysłał misjonarzy na południe tego kraju, do Karyntii. W 755 r. przyjął sakrę biskupią. W Salzburgu wybudował nową katedrę i 24 września 774 r. przeniósł do niej relikwie św. Ruperta zmarłego ok. 718 r. w Wormacji.

Kilkakrotnie znalazł się w konflikcie ze św. Bonifacym (także benedyktynem, biskupem misyjnym działającym na terenach dzisiejszych Niemiec i Francji). Jednym z pretekstów był fakt, że Wirgiliusz użył podczas chrztu jakiegoś dziecka źle odmienionego gramatycznie łacińskiego słowa. Bonifacy zakwestionował ważność udzielonego sakramentu. Skierował prośbę o wyjaśnienie tej sytuacji do papieża. Ten, zdziwiony, że Bonifacy kwestionuje tak błahą sprawę, wydał specjalny dekret, w którym potwierdził ważność chrztu. Inną sporną kwestią był pogląd Wirgiliusza, który twierdził, że ziemia jest kulista; Bonifacy ponownie nie zgodził się z nim. Ta sprawa również zakończyła się w Rzymie. Ponownie wygrał Wirgiliusz.

Irlandzki misjonarz zmarł między 781 a 784 rokiem w Salzburgu i tam został pochowany; mimo tego jego święto obchodzi się także w Irlandii. Kanonizował go Grzegorz IX w 1232 r. Jest patronem Salzburga i Austrii.