Najpierw 10 stycznia dr Varkey otrzymał powiadomienie z Rejonowego Działu Personalnego College’ów Alamo, że wniesiono na niego skargę z powodu naruszenia zasad etycznych. Kiedy nauczyciel poprosił o wyjaśnienie, jakie zasady dokładnie naruszył, 27 stycznia dostał wypowiedzenie pracy. W uzasadnieniu podano, że złożono na niego kilka skarg za rzekome „propagowanie religii, dyskryminacyjne komentarze o homoseksualistach i osobach transpłciowych, retorykę antyaborcyjną i mizoginistyczne żarty”.

Według listu First Liberty wysłanego do dyrekcji St. Philip’s College, wprawdzie dr Varkey jest „pobożnym chrześcijaninem”, ale nigdy w czasie zajęć nie głosił studentom swoich wierzeń religijnych i zawsze uczył o biologicznych podstawach płci. Poza tym do tej pory  „w ciągu dwóch dziesięcioleci uczenia tych podstawowych, niczym nie wyróżniających się pojęć żadni inni studenci się nie skarżyli”.

Zdaniem prawników z First Liberty, choć profesor nie głosił swej wiary w sali lekcyjnej, to „oskarżenie o propagowanie religii miało wyraźny związek z faktem, że pełni on posługę pomocnika pastora”. Firma zapowiedziała podjęcie kroków prawnych, jeśli dr Varkey nie zostanie przywrócony do pracy. Według listu zwolnienie z pracy było naruszeniem Ustawy o prawach obywatelskich z 1964 r., a także m.in. sprzeczne z pierwszą poprawką do Konstytucji mówiącą o wolności słowa.

Autorzy listu zwrócili także uwagę na to, że pomoce naukowe używane przez profesora pokazują wyraźnie, że „uczył standardowych zasad dotyczących ludzkiego życia i rozmnażania”. Poza tym „dr Varkey promował nieograniczone poszukiwanie prawdy ucząc biologii człowieka w sposób, który był zgodny z naukowym konsensusem i obserwacjami od tysięcy lat”.