W podpisanym 4 lutego 2019 r. „Dokumencie o ludzkim braterstwie dla pokoju światowego i współistnienia”, który sygnował z papieżem wielki imam Al-Azhar, dr Seifert szczególnie wskazał na kontrowersyjny fragment: „Pluralizm i różnorodność religii, koloru skóry, płci, rasy i języka są wyrazem mądrej woli Bożej, z jaką Bóg stworzył istoty ludzkie”.

„Czy nie byłoby herezją i straszliwym zamieszaniem twierdzić, że Bóg – tak jak chciał różnicy dwóch płci – tj. swą pozytywną wolą – także bezpośrednio zechciał różnicy religii, a tym samym idolatrii i herezji? Tak, czy Deklaracja z Abu Zabi nie jest dużo gorsza niż herezja, a mianowicie [czy nie jest] apostazją?” – pyta austriacki profesor. I dziwi się, jak „wyrazem mądrej woli Bożej” może być np. istnienie „religii, które odrzucają boskość Jezusa, kwestionują Trójcę Najświętszą, odrzucają chrzest i wszystkie sakramenty oraz kapłaństwo?”

Zdaniem dr. Seiferta kardynałowie i biskupi powinni powiedzieć „stanowcze non possumus”, gdy papież Franciszek domaga się, by taki dokumenty był podstawą formacji kapłanów w seminariach i na wydziałach teologicznych. Tytuł „gwaranta wiary” nie może być według niego zastosowany do obecnego biskupa Rzymu, który podpisał dokument z Abu Zabi „i który powiedział i zrobił wiele innych rzeczy sprzecznych ze stałym nauczaniem Kościoła”.

Zwracając uwagę na zamieszanie, jaki „Dokument o braterstwie” wywołuje, Seifert przytoczył przykład wypowiedzi swojego przyjaciela, „głęboko wierzącego luteranina”, o którego nawrócenie się modli od wielu lat. Stwierdził on mianowicie, że podpisując tę deklarację, „Kościół katolicki opuścił ziemię chrześcijańską”. Profesor uważa, że kardynałowie zamiast milczeć, powinni „napisać do papieża jak jeden mąż i poprosić go o wycofanie tej apostatycznej deklaracji”.

Dr Seifert uważa , że dostojnicy Kościoła nie powinni milczeć wobec wypowiedzi papieża Franciszka o tzw. „związkach cywilnych” homoseksualistów, gdyż są one sprzeczne „z jasnymi stwierdzeniami Magisterium Kościoła”. Przytaczając przykład bp. Athanasiusa Schneidera, profesor zauważył, że publiczna krytyka papieża w tym przypadku byłaby „prawdziwym aktem miłości”. Dodał, że biskupi będą musieli w końcu zdać sprawę „ze swoich działań (lub bezczynności) przed sędziowskim tronem Boga”.

Filozof wymienił również inne przykłady wypowiedzi i działań papieża Franciszka, wobec których jego zdaniem biskupi nie powinni milczeć, takie jak kwestionowanie, że istnieją działania „złe ze swojej istoty” w każdej okoliczności, jak „teologicznie i eklezjastycznie zła zmiana w Katechizmie Kościoła, która jest zaprzeczeniem” kościelnej nauki o karze śmierci czy jak wówczas, kiedy ojciec święty „mówi o pustym piekle albo nawet, jak świadkowie Jehowy, twierdzi, że dusze niepoprawnych grzeszników nie idą do piekła, ale zostają zniszczone”.

Josef Seifert, który w 2017 r. został zwolniony z katolickiego uniwersytetu w Hiszpanii za krytykę papieża Franciszka, wyliczył w liście wśród kontrowersji obecnego pontyfikatu także m.in. nominowanie do Papieskiej Akademii Życia osób, które „kwestionują fundamenty biblijnego i kościelnego nauczania moralnego”.