W cieniu dawnej katedry Wicek, jak go wszyscy nazywali, spędził swoją młodość. W latach szkolnych związał się z harcerstwem. Zapalony wielkimi ideałami, odnajdywał radość w służbie drugiemu człowiekowi, działając w 24. Pomorskiej Drużynie Harcerskiej im. Zawiszy Czarnego. Wstąpił do niej w marcu 1927 r. W swoim pamiętniku tak pisał o swojej roli drużynowego: "Taka drużyna dawałaby swym członkom coś więcej niż samą karność i trochę wiedzy polowej i przyjemne obozy, lecz dawałaby im pełne wychowanie obywatela znającego dobrze swoje obowiązki dla Ojczyzny. Ja sam wierzę mocno, że państwo, którego wszyscy obywatele byliby harcerzami, byłoby najpotężniejszym ze wszystkich. Harcerstwo bowiem, a polskie szczególnie, ma takie środki, pomoce, że kto przejdzie przez jego szkołę, jest typem człowieka, jakiego nam teraz potrzeba".

Będąc uczniem ośmioklasowego męskiego gimnazjum humanistycznego w Chełmży, rozwijał swoje życie wewnętrzne w Sodalicji Mariańskiej. W 1930 roku został jej prezesem. Decyzja wstąpienia na drogę kapłaństwa nie przyszła mu łatwo. Nie było łatwo wszystko zostawić, ale nie utracił swojej naturalnej radości, którą nadal promieniował w nowym środowisku. Chciał oddać się na służbę Bogu. "Wiem, że to najlepsza droga. Ufam, że Jezus mi dopomoże, bo dla Niego ta ofiara. Wiem, że niegodny jej jestem, ale chcę być kapłanem wedle Serca Bożego. Tylko takim. Innym nie". Jako diakon został kapelanem i sekretarzem biskupa Stanisława Okoniewskiego. W dniu 14 marca 1937 roku przyjął święcenia kapłańskie.
Rok później został wikariuszem w parafii Wniebowzięcia NMP w Toruniu. Był gorliwym apostołem dzieci i chorych, pełniąc funkcję kapelana Chorągwi Pomorskiej ZHP i redaktora "Wiadomości Kościelnych". Wciąż były w nim żywe młodzieńcze ideały.
Gdy 7 września 1939 r. oddziały niemieckiego Wermachtu wkroczyły do Torunia, rozpoczęły się aresztowania. W dniu 17 października aresztowano ks. Frelichowskiego. Był on dla władz niemieckich szczególnie podejrzany ze względu na swoje zaangażowanie w ruchu harcerskim. Osadzony w Forcie VII, realizował nadal swoje ideały harcerskie. Uwięziona młodzież spontanicznie garnęła się do niego z wielką ufnością. Ksiądz sam wyszukiwał ludzi szczególnie smutnych i samotnych, chorych i słabych. Odtąd realizował powołanie kapłańskie w warunkach konspiracyjnych, w kolejnych niemieckich obozach koncentracyjnych w Stutthof, Grenzdorf, Sachsenhausen i Dachau. Organizował wspólne modlitwy, wyszukiwał najbardziej umęczonych i załamanych współwięźniów. Jeden z nich, późniejszy biskup chełmiński, ks. Bernard Czapliński, tak go wspominał: "Nikt nie zapomni owego Wielkiego Czwartku 1940 roku, gdyśmy mogli dzięki jego staraniom i zapobiegliwości - wprawdzie w sposób katakumbowy - odprawić pierwszą, od chwili aresztowania, Mszę świętą. W Sachsenhausen pełni dalej obowiązki kapelana nie tylko naszego, lecz również i rodaków. Wspomnę choćby słuchanie wychodzących z obozu transportów spowiedzi, które on organizował".
W Dachau Wincenty opiekował się chorymi na tyfus, przekradał się do ich baraków, by nieść im pomoc i umacniać Eucharystią. Sam nie dałby rady pomóc wszystkim umierającym. Udało mu się pozyskać 32 polskich księży, którzy zgłosili się, by na tych właśnie blokach pielęgnować zakażonych. Wszyscy oni bez wyjątku przeszli ciężki tyfus, a dwóch zmarło. Ksiądz Wincenty już wcześniej zaraził się tyfusem - zmarł w opinii świętości w dniu 23 lutego 1945 roku, na około dwa miesiące przed wyzwoleniem obozu. Wyjątkowość zmarłego kapłana uznali nawet hitlerowcy, pozwalając po raz pierwszy w obozie w Dachau na wspólne modlitwy przy trumnie, wyłożonej białym prześcieradłem, udekorowanej kwiatami. Współwięzień wyjął kilka kosteczek z jego palców, by przechować je jako relikwie, zanim spalono ciało w krematorium.

Św. Jan Paweł II ogłosił ks. Frelichowskiego błogosławionym 7 czerwca 1999 roku w Toruniu podczas pielgrzymki do Ojczyzny. 22 lutego 2003 roku bł. Stefan Wincenty został ogłoszony patronem harcerstwa polskiego.