Pomimo że dziennik budowy został zabezpieczony na początkowym etapie śledztwa, służby Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego (ABW) przeprowadziły przeszukania w poszukiwaniu dokumentu. Dopiero po interwencji dziennikarzy udało się potwierdzić, że dowód ten znajdował się w materiałach sprawy. To rodzi pytania o porządek w pracy prokuratury oraz o celowość działań, które mogą być interpretowane jako forma nacisku na fundację i jej beneficjentów.

Mecenas Krzysztof Wąsowski, obrońca ks. Olszewskiego, nie szczędził ostrych słów, nazywając sytuację „skandaliczną”. Jego zdaniem, instrumentalne wykorzystanie ABW do poszukiwań „zaginionego” dowodu budzi wątpliwości co do intencji prokuratury. Zdaniem Wąsowskiego, działania te mogą mieć na celu zastraszenie środowisk współpracujących z fundacją.

Sprawa księdza Olszewskiego nie jest odosobnionym przypadkiem, kiedy działania prokuratury budzą co najmniej kontrowersje. Komentatorzy zwracają uwagę, że problematyka organizacji pracy i koordynacji działań w takich przypadkach wpływa na bardzo negatywne postrzeganie prokuratury jako instytucji.