W 1421 r. na prośbę bożogrobców z Miechowa Akademia Krakowska wysłała Jana Kantego w charakterze kierownika do tamtejszej szkoły klasztornej. Spędził tam osiem lat (1421-1429). Zadaniem szkoły było przede wszystkim kształcenie kleryków zakonnych. Wolny czas Jan spędzał na przepisywaniu rękopisów, które były mu potrzebne do wykładów. Wśród zachowanych kopii są pisma Ojców Kościoła, św. Augustyna, św. Tomasza, a także Arystotelesa. W Miechowie Jan Kanty pełnił równocześnie obowiązki kaznodziei przy kościele klasztornym. Musiał również interesować się w pewnej mierze muzyką, gdyż odnaleziono drobne fragmenty zapisów pieśni dwugłosowych, skreślonych jego ręką.
W roku 1429 zwolniło się miejsce w jednym z kolegiów Akademii Krakowskiej. Przyjaciele natychmiast zawiadomili o tym Jana i sprowadzili go do Krakowa. Kolegium dawało pewną stabilizację - zapewniało bowiem utrzymanie i mieszkanie. Profesorowie w kolegiach mieszkali razem i wiedli życie na wzór zakonny. W początkach Uniwersytetu tych kolegiów było niewiele i były bardzo małe. Dlatego niełatwo było w nich o miejsce.
Gdy tylko Jan wrócił do Krakowa, objął wykłady na wydziale filozoficznym. Równocześnie jednak zaczął studiować teologię (miał wówczas już ok. 40 lat). Jednocześnie jako profesor wykładał traktaty, które przypadły mu - ówczesnym zwyczajem - przez losowanie. Z nielicznych zapisków wiemy, że komentował logikę, potem fizykę i ekonomię Arystotelesa. Na tym wydziale piastował także urząd dziekański w półroczach zimowych: 1432/1433, 1437/1438 oraz w półroczu letnim 1438. Od roku 1434 sprawował także urząd rektora Kolegium Większego.
W roku 1439 zdobył tytuł bakałarza z teologii. Pod kierunkiem swojego mistrza studiował Pismo święte, potem cztery księgi Piotra Lombarda, wreszcie teologię ścisłą. Co pewien czas trzeba było zdawać egzaminy, brać udział w dysputach, mówić kazania i prowadzić ćwiczenia. Ponieważ Jan był równocześnie profesorem filozofii, dziekanem i rektorem Kolegium Większego, nie dziw, że jego studia teologiczne wydłużyły się aż do 13 lat. Dopiero w roku 1443 uzyskał tytuł magistra teologii, który był wówczas jednoznaczny z doktoratem.

W roku 1439 został kanonikiem i kantorem kapituły św. Floriana w Krakowie oraz proboszczem w Olkuszu. Nie był jednak w stanie pogodzić obowiązków duszpasterskich i uniwersyteckich. Po kilku miesiącach zrzekł się probostwa w Olkuszu. Hagiografowie zgodnie podkreślają, że beż żalu zrezygnował ze sporych dochodów. Fakt, że został wybrany na kantora, świadczy, że musiał znać się na muzyce. Urząd ten nakładał bowiem obowiązek opieki nad muzyką i śpiewem liturgicznym.

Po uzyskaniu stopnia magistra (mistrza) teologii w roku 1443 Jan Kanty poświęcił się do końca życia wykładom z tej dziedziny. Pośród tych rozlicznych zajęć Jan znajdował jeszcze czas na przepisywanie manuskryptów. Jego rękopisy liczą łącznie ponad 18 000 stron. Biblioteka Jagiellońska przechowuje je w 15 grubych tomach. Część z nich znajduje się w Bibliotece Watykańskiej. Własnoręcznie przepisał 26 kodeksów. Zapewne sprzedawał je nie tyle na swoje utrzymanie, gdyż miał je wystarczające, ile raczej na dzieła miłosierdzia i na pielgrzymki. Jest rzeczą pewną, że w roku 1450 udał się do Rzymu, aby uczestniczyć w roku świętym i uzyskać odpust jubileuszowy. Prawdopodobnie do Rzymu pielgrzymował więcej razy, aby w ten sposób okazać swoje przywiązanie do Kościoła i uzyskać odpusty. Dyskusyjna jest natomiast pielgrzymka do Ziemi Świętej, o której piszą niektórzy biografowie. Niewykluczone, że Jan Kanty pielgrzymował nie do grobu świętego, ale do jego kopii w miechowskim kościele bożogrobców.

Był człowiekiem żywej wiary i głębokiej pobożności. Słynął z wielkiego miłosierdzia. Nie mogąc zaradzić nędzy, wyzbył się nawet własnego odzienia i obuwia. Wielokrotne dzielił się posiłkiem z biednymi. Legenda mówi, że zdarzało się, iż wiktuały dane potrzebującemu bliźniemu w cudowny sposób odnawiały się na talerzu Jana. Będąc rektorem Akademii, zapoczątkował tradycję odkładania ze stołu profesorów części pożywienia codziennie dla jednego biednego. Dbał także o ubogich studentów, których wspomagał z własnych, skromnych zasobów. Przez całe życie nie zaniechał działalności duszpasterskiej. Wiemy, że krzewił kult eucharystyczny i zachęcał do częstego przyjmowania Komunii świętej, a wiele czasu poświęcał pracy w konfesjonale.
Pomimo bardzo pracowitego i pokutnego życia, jakie Jan prowadził, dożył 83 lat. Zmarł w Krakowie 24 grudnia 1473 r. Istniało tak powszechne przekonanie o jego świętości, że od razu pochowano go w kościele św. Anny pod amboną. W 1621 r. synod biskupów w Piotrkowie wniósł prośbę do Stolicy Apostolskiej o rozpoczęcie procesu kanonicznego. Prace przygotowawcze rozpoczęto w roku 1628. W roku 1625 napisano życiorys Jana. Dla kanonizacji przygotowano jeszcze jeden żywot, według schematu przysłanego kwestionariusza. Beatyfikacja nastąpiła 27 września 1680 r. Dokonał jej papież bł. Innocenty XI. Kanonizacji - łącznie ze św. Józefem Kalasantym - dokonał Klemens XIII 16 lipca 1767 r.


Kult św. Jana Kantego jest do dnia dzisiejszego żywy. Jest on bowiem czczony przede wszystkim jako patron uczącej się i studiującej młodzieży. Poświęcił jej przecież prawie całe swoje życie, aż 55 lat profesury. Jest także patronem Polski, archidiecezji krakowskiej i Krakowa; profesorów, szkół katolickich i "Caritasu".

W ikonografii św. Jan przedstawiany jest w todze profesorskiej. Często w ręku ma krzyż. Bywa ukazywany w otoczeniu studentów lub ubogich. Jego atrybutami są: scalony dzbanek, obuwie, które daje ubogiemu, pieniądze wręczane zbójcom, różaniec.