Początkowo Jan był uczniem Jana Chrzciciela, ale potem razem ze św. Andrzejem poszedł za Jezusem (J 1, 35-40). Musiał należeć do najbardziej zaufanych uczniów, skoro św. Jan Chrzciciel z nimi tylko i ze św. Andrzejem przebywał właśnie wtedy nad rzeką Jordanem. Jan w Ewangelii nie podaje swojego imienia. Jednak jako naoczny świadek wymienia nawet dokładnie godzinę, kiedy ten wypadek miał miejsce. Rzymska godzina dziesiąta - to nasza godzina szesnasta. Po tym pierwszym spotkaniu Jan jeszcze nie został na stałe przy Panu Jezusie. Jaki był tego powód - nie wiemy. Być może musiał załatwić przedtem swoje sprawy rodzinne. O ostatecznym przystaniu Jana do grona uczniów Jezusa piszą św. Mateusz, św. Marek i św. Łukasz (Mt 4, 18-22; Mk 1, 14-20; Łk 5, 9-11).

Jan pracował jako rybak. O jego zamożności świadczy to, że miał własną łódź i sieci. Niektórzy sądzą, że dostarczał ryby na stół arcykapłana - dzięki temu mógłby wprowadzić Piotra na podwórze arcykapłana po aresztowaniu Jezusa. Ewangelia odnotowuje obecność Jana podczas Przemienienia na Górze Tabor (Mk 9, 2), przy wskrzeszeniu córki Jaira (Mk 5, 37) oraz w czasie konania i aresztowania Jezusa w Ogrodzie Oliwnym (Mk 14, 33).

Kiedy Jan wyraził zgorszenie, że ktoś obcy ma odwagę wyrzucać z ludzi złe duchy w imię Jezusa (sądził bowiem, że jest to wyłączny przywilej Chrystusa i Jego uczniów), otrzymał od Pana Jezusa odpowiedź: "Nie zabraniajcie mu, bo nikt, kto czyni cuda w imię moje, nie będzie mógł zaraz źle mówić o Mnie. Kto bowiem nie jest przeciwko nam, ten jest z nami" (Mk 9, 37-38).

Pewnego dnia do Pana Jezusa przybyła matka Jana i Jakuba z prośbą, aby jej synowie zasiadali w Jego królestwie na pierwszych miejscach, po Jego prawej i lewej stronie. Pan Jezus wiedział, że matka nie uczyniła tego sama z siebie, ale na prośbę synów. Dlatego nie do niej wprost, ale do nich się odezwał: "Nie wiecie, o co prosicie. Czy możecie pić kielich, który Ja mam pić?" Kiedy zaś ci odpowiedzieli: "Możemy", otrzymali odpowiedź: "Kielich mój pić będziecie. Nie do Mnie jednak należy dać miejsce po mojej stronie prawej czy lewej, ale dostanie się ono tym, dla których mój Ojciec je przygotował" (Mt 20, 21-28; Mk 10, 41-52).

Szczegół ten zdradza to, że nawet tak świątobliwy Jan nie całkiem bezinteresownie przystąpił do Pana Jezusa w charakterze Jego ucznia. Przekonany, że wskrzesi On doczesne królestwo Izraela na wzór i co najmniej w granicach królestwa Dawida, marzył, by w tym królestwie mieć wpływowy urząd, być jednym z pierwszych ministrów u Jego boku. Samemu jednak wstydząc się o to prosić, wezwał interwencji swojej matki. Potem zrozumie, że chodzi o królestwo Boże, duchowe, o zbawienie ludzi - i odda się tej wielkiej sprawie aż do ostatniej godziny życia. Warto tu tylko uzupełnić, że według relacji Marka to oni sami: Jan i Jakub zwrócili się do Chrystusa z tą dziwną prośbą, nie wyręczając się przy tym matką.

Chrystus nadał Janowi i Jakubowi, jego bratu, drugie imię - "Synowie gromu" (Łk 9, 51-56). Jan zostaje wyznaczony razem ze św. Piotrem, aby przygotowali Paschę wielkanocną. Podczas Ostatniej Wieczerzy Jan spoczywał na piersi Zbawiciela. Tylko on pozostał do końca wierny Panu Jezusowi - wytrwał pod krzyżem. Dlatego Chrystus z krzyża powierza mu swoją Matkę, a Jej - Jana jako przybranego syna (J 19, 26-27).

Po zmartwychwstaniu Chrystusa Jan przybywa razem ze św. Piotrem do grobu, gdzie "ujrzał i uwierzył" (J 20, 8), że Chrystus żyje. W Dziejach Apostolskich Jan występuje jako nieodłączny na początku towarzysz św. Piotra. Obaj idą do świątyni żydowskiej na modlitwę i dokonują u jej wejścia cudu uzdrowienia paralityka (Dz 3, 1 - 4, 21). Jan z Piotrem został delegowany przez Apostołów dla udzielenia Ducha Świętego w Samarii (Dz 8, 14-17). We dwóch przemawiali do ludu, zostali pojmani i wtrąceni do więzienia (Dz 4, 1-24). O Janie Apostole wspomina także św. Paweł Apostoł w Liście do Galatów. Nazywa go filarem Kościoła (Ga 2, 9).

Jan przebywał przez wiele lat w Jerozolimie (Ga 2, 9), potem prawdopodobnie w Samarii, a następnie w Efezie. To tam napisał Ewangelię i trzy listy apostolskie. Wynika z nich, że jako starzec kierował niektórymi gminami chrześcijańskimi w Małej Azji. Z Apokalipsy dowiadujemy się, że były to: Efez, Smyrna, Pergamon, Tiatyra, Sardes, Filadelfia i Laodycea.

Tradycja wczesnochrześcijańska okazywała żywe zainteresowanie losami św. Jana Apostoła po zmartwychwstaniu i wniebowstąpieniu Pana Jezusa. Św. Papiasz (ok. 80-116) i św. Polikarp (ok. 70-166) szczycą się nawet, że byli uczniami św. Jana. Podają nam pewne cenne szczegóły z jego późniejszych lat. Podobnie św. Ireneusz (ok. 115-202) przekazał nam zaczerpnięte z tradycji niektóre wiadomości. Także w pismach apokryficznych znajdujemy o życiu Jana okruchy prawdy. Z tych wszystkich źródeł wynika, że Jan głosił Ewangelię albo w samej Ziemi Świętej, albo w jej pobliżu, a to ze względu na Matkę Bożą, nad którą Chrystus powierzył mu opiekę. Po wybuchu powstania żydowskiego Jan schronił się zapewne w Zajordanii, gdzie przebywał do końca wojny, tj. do roku 70 (zburzenie Jerozolimy). Stamtąd udał się do Małej Azji, gdzie pozostał aż do zesłania go na wyspę Patmos przez cesarza Domicjana (81-96). Po śmierci cesarza Apostoł wrócił do Efezu, by tu za panowania Trajana (98-117) zakończyć życie jako prawie stuletni starzec. Potwierdzają to św. Ireneusz i Polikrates, biskup Efezu (ok. 190 roku).

W wieku II lub III powstał w Małej Azji apokryf Dzieje Jana. Przytacza go m.in. Focjusz. Do naszych czasów dochowały się jego znaczne fragmenty. Według tego pisma Domicjan wezwał najpierw Jana do Rzymu. Nie miał jednak odwagi skazać starca na gwałtowną śmierć, dlatego zesłał go na wygnanie na wyspę Patmos, by na tej skalistej, niezaludnionej wyspie Morza Egejskiego zginął powolną śmiercią. Na szczęście chrześcijanie nie zapomnieli o ostatnim świadku Chrystusa. Główną treścią apokryfu są cuda, jakie Jan miał zdziałać w Rzymie i w Efezie. W opisach znajduje się tak wiele legendarnych motywów, że trudno wydobyć z tego apokryfu prawdę. Utrwaliło się podanie, że Domicjan usiłował najpierw w Rzymie otruć św. Jana. Kielich pękł i wino się rozlało w chwili, gdy Apostoł nad nim uczynił znak krzyża świętego. Wtedy cesarz kazał go męczyć we wrzącym oleju, ale Święty wyszedł z niego odmłodzony. Przez kilkaset lat (do roku 1909) 6 maja było nawet obchodzone osobne święto ku czci św. Jana w Oleju.
Jan miał mieć ucznia, którego w sposób szczególniejszy miłował i z którym łączył wielkie nadzieje. Ten wszakże wszedł w złe towarzystwo i został nawet hersztem zbójców. Apostoł tak długo go szukał, aż go odnalazł i nawrócił. Euzebiusz z Cezarei pisze, że Jan nosił diadem kapłana, że organizował gminy i ustanawiał nad nimi biskupów, a w Efezie miał wskrzesić zmarłego.

Swoją Ewangelię napisał Jan prawdopodobnie po roku 70, kiedy powrócił do Efezu. Miał w ręku Ewangelie synoptyków (Mateusza, Marka i Łukasza), dlatego jako naoczny świadek nauk Pana Jezusa i wydarzeń z Nim związanych nie powtarza tego, co już napisano, uzupełnia wypadki szczegółami bliższymi i faktami przez synoptyków opuszczonymi. Nigdzie wprawdzie nie podaje swojego podpisu wprost, ale podaje go pośrednio, kiedy pisze na wstępie: "I oglądaliśmy Jego chwałę" (J 1, 14), zaś w swoim pierwszym liście napisze jeszcze dobitniej: "To wam oznajmiamy, co było od początku, cośmy usłyszeli o Słowie życia, co ujrzeliśmy własnymi oczami, na co patrzyliśmy i czego dotykały nasze ręce" (1 J 1, 1). Ewangelię św. Jana zna św. Ignacy z Antiochii (+ ok. 107) i cytuje ją w swoich listach. Zna ją również św. Justyn (+ ok. 165), a Fragment Muratoriego (160-180) pisze wprost o św. Janie jako autorze Ewangelii.

Pierwszymi adresatami Ewangelii św. Jana byli chrześcijanie z Małej Azji. Znali oni dobrze Jana, nie musiał się więc im przedstawiać. W owych czasach rozpowszechniały się pierwsze herezje gnostyckie: ceryntian, nikolaitów i ebionitów. Dlatego Ewangelia św. Jana nie ma charakteru katechetycznego, jak poprzednie, a raczej historyczno-teologiczny. Jan wykazuje, że Jezus jest postacią historyczną, że jest prawdziwie Synem Bożym. Tradycja za symbol słusznie nadała mu orła, gdyż głębią i polotem przewyższył wszystkich Ewangelistów.

Według podania, cesarz Nerwa (96-98) miał uwolnić św. Jana z wygnania. Apostoł wrócił do Efezu, gdzie zmarł niebawem ok. 98 roku. Jako więc jedyny z Apostołów zmarł śmiercią naturalną. Dlatego podczas dzisiejszej liturgii celebrans nosi szaty białe, a nie - jak w przypadku wszystkich pozostałych Apostołów - czerwone. Pierwszą wzmiankę o grobie św. Jana w Efezie ok. 191 roku podaje w liście do papieża św. Wiktora Polikrates, biskup Efezu. Papież św. Celestyn I w liście swoim do ojców soboru efeskiego z 8 maja 431 roku winszuje im, że mogą czcić relikwie św. Jana Apostoła. Św. Grzegorz z Tours (+ 594) wspomina o cudach, jakie działy się przy tym grobie. Badania archeologiczne, przeprowadzone w 1936 roku, potwierdziły istnienie tego grobu. Dzisiaj z wielkiej metropolii, jaką niegdyś był Efez, pozostały jedynie ruiny, a na nich powstała mała wioska turecka.

Jan jest patronem Albanii i Azji Mniejszej; ponadto aptekarzy, bednarzy, dziewic, zawodów związanych z pisaniem i przepisywaniem: introligatorów, kopistów, kreślarzy, litografów, papierników, pisarzy oraz owczarzy, płatnerzy, skrybów, ślusarzy, teologów, uprawiających winorośl oraz wdów. Kult św. Jana Apostoła w Kościele był zawsze bardzo żywy. Najwspanialszą świątynię wystawiono mu w Rzymie. Jest nią bazylika na Lateranie pod wezwaniem świętych Jana Chrzciciela i Jana Apostoła. Zwana jest również bazyliką Zbawiciela - matką wszystkich kościołów chrześcijaństwa, gdyż jako pierwsza była uroczyście konsekrowana przez papieża św. Sylwestra I (+ 335) i dotąd jest katedrą papieską. Nadto w Rzymie wystawiono św. Janowi Apostołowi jeszcze inne kościoły, np. przy Bramie Łacińskiej (ante Portam Latinam), gdzie Apostoł miał być męczony w rozpalonym oleju. Do Jana Apostoła szczególne nabożeństwo miały św. Gertruda i św. Małgorzata Maria Alacoque. Właśnie w dniu dzisiejszym, w dniu jego święta miały objawienia dotyczące nabożeństw do Serca Pana Jezusa. Szczególnym nabożeństwem do św. Jana Apostoła wyróżniali się kiedyś w Polsce krzyżacy. Wystawili też oni szereg kościołów ku jego czci.