W 1627 r. powrócił do Argentan, kiedy dowiedział się, że panuje tam zaraza. Niósł pomoc zarażonym. Następnie został przeznaczony do Caen. Powierzono mu obowiązki wędrownego kaznodziei, by głosił rekolekcje, misje, słowo Boże z okazji odpustów i świąt. Tę wyczerpującą pracę prowadził przez 44 lata (1632-1676). Za podstawę obrał sobie katechizm. Systematycznie uczył prawd wiary i moralności tak dzieci, jak i dorosłych, wieśniaków, jak i mieszczan. Co roku przeprowadzał 3 do 4 misji, a każda z nich trwała od 4 do 8 tygodni. Przez całe swe życie przeprowadził 110 misji. W ciągu kilkudziesięciu lat przemierzył całą Normandię, Bretonię i część Burgundii. Wielu kapłanów i wiele sióstr zakonnych poddało się pod jego kierownictwo duchowe.
Za poradą spowiednika wystąpił z Oratorium (1643) i postanowił założyć własne zgromadzenie misyjne (eudystów) dla nauczania i katechizowania ludu, który był pod tym względem mocno zaniedbany. Ponieważ wyróżniał się nabożeństwem do Serca Jezusa i Maryi, cześć dla tych Serc szerzył niezmordowanie żywym słowem i pismem. Założył szereg seminariów duchownych w diecezjach, w których ich jeszcze nie było, mimo bardzo surowych zaleceń soboru trydenckiego (1545-1563): w Coutances (1650), w Lisieux (1653), w Rouen (1658), w Evreux (1667) i w Rennes (1670), skąd wyszło wielu gorliwych kapłanów. Seminaria te prowadzili jego synowie duchowi.
W swoich wędrówkach apostolskich zauważył, że po miastach szerzyła się rozpusta. Wiele młodych niewiast i dziewcząt w tego rodzaju życiu widziało jedyną dla siebie szansę zdobycia utrzymania. Nieustanne wojny i zamieszki, zarazy i pożary pomnażały nędzę, która pchała kobiety w ramiona rozpusty. Jan utworzył więc nową, żeńską rodzinę zakonną do opieki nad moralnie upadłymi dziewczętami, pod nazwą Sióstr Matki Bożej od Miłości. Tego rodzaju inicjatywa była potrzebna, gdyż nowy zakon otworzył swoje placówki w Caen (1642), w Rennes (1673), w Hennebont (1676) i w Guingamp (1676). Papież Aleksander VII zatwierdził nowe dzieło bullą w 1666 roku.
Jan znajdował też czas na twórczość pisarską. Do najcenniejszych jego pism należą Królestwo Chrystusa (1637), Katechizm misyjny (1642), Kontrakt człowieka z Bogiem przez Chrzest święty (1654), Pamiętnik życia kościelnego(1681), Dobry spowiednik (1666) i Kaznodzieja apostolski (1685). Niektóre z tych dziełek ukazały się w druku dopiero po jego śmierci.
Największe zasługi Jan Eudes położył jako niezmordowany apostoł nabożeństwa do Serca Pana Jezusa i Serca Jego Matki. Jako pierwszy wystąpił publicznie z rozpowszechnianiem nabożeństwa, które było dotąd zarezerwowane tylko dla wybranych. Rozpowszechniał wśród ludu i duchowieństwa obrazy i obrazki Najświętszych Serc, modlitwy i pobożne wezwania. U biskupów poszczególnych diecezji otrzymał zezwolenie na obchodzenie święta Serca Jezusa (20 października) i Serca Maryi (8 lutego). Ułożył do tekstu Mszy świętej i brewiarza osobne czytania i hymny. Rodziny zakonne, które założył, oddał pod opiekę Serca Maryi i Jezusa. Jako hasło i codzienne pozdrowienie wprowadził do swoich klasztorów: Zdrowaś, Serce Najświętsze! Zdrowaś, Najukochańsze Serce Jezusa i Maryi! Nabożeństwo to szerzył także poprzez misje urządzane przez siebie i swoich synów duchowych. Nakazał odprawiać je w seminariach, które prowadził jego zakon. W roku 1650 Jan założył bractwo Serca Jezusa i Maryi. W Coutance wystawił pierwszy kościół ku czci Serca Pana Jezusa i Matki Bożej.
Właśnie ta akcja przysporzyła mu jednocześnie najwięcej cierpień. Naraził się bowiem jansenistom. Oratorianie, z których szeregów wystąpił, także nie mogli mu tego darować. Posądzono go o herezję. Doszło do tego, że król nakazał mu usunąć się z Paryża. Kapłan bronił się. Przekonywał, że teologicznie nabożeństwo to nie jest błędne, a z powodów duszpastersko-ascetycznych ma wielkie znaczenie. Opatrzność czuwała nad dziełem. Znaleźli się dygnitarze, którzy udzielili poparcia pięknej inicjatywie. Jan dla ostrożności oddał teksty liturgiczne, ułożone przez siebie, do przeglądu wybitnym teologom. Ci je zatwierdzili (1670). W 1672 roku Jan Eudes wysłał pismo do sześciu domów swojego zgromadzenia męskiego, w których polecił obchodzić święto Serca Pana Jezusa (20 października) jako święto patronalne zgromadzenia. W tym samym liście polecił równocześnie, by uroczystość tę poprzedziła uroczystość Serca Maryi (8 lutego). Za eudystami poszły z wolna inne zakony. Święto Serca Pana Jezusa przyjęły m.in. benedyktynki od Najświętszego Sakramentu (1674) i benedyktynki z Montmartre (1674). Po śmierci Jana w 1681 r. ukazało się w druku dziełko Przedziwne Serce Najświętszej Matki Bożej, w którym Jan wyłożył naukę dotyczącą tego nabożeństwa. Nosił się z myślą wydania podobnej pracy o Najświętszym Sercu Jezusowym, ale śmierć przerwała mu przygotowanie pracy.
Zmarł w Caen 19 sierpnia 1680 r. Jego beatyfikacja miała miejsce w 1909 r., dokonał jej papież Pius X. Uroczystej kanonizacji dokonał jego następca, Pius XI, w roku świętym 1925.