Fernández był pierwszym arcybiskupem, którego papież Franciszek mianował w 2013 r. po swoim wyborze. Ich przyjaźń datuje się jeszcze z czasów, kiedy obecny papież był kardynałem w Argentynie. To także kard. Bergoglio mianował Fernándeza rektorem Papieskiego Uniwersytetu Katolickiego Argentyny w 2009 r. Abp Fernández z kolei w 2018 r. zaciekle zaatakował watykańskiego informatora, który krytykował Franciszka za umożliwienie działalności seksualnego zwyrodnialca byłego kardynała Thodore’a McCarricka.

Jako 33-letni ksiądz, Fernández opublikował w 1995 r. w wydawnictwie Lumen książkę Sáname con tu boca. El arte de besar (Uzdrów mnie swoimi ustami. Sztuka całowania). Na samym początku autor zapewnia: „Wyjaśniam ci, że książka ta nie tyle jest napisana na podstawie mojego własnego doświadczenia, ale na podstawie życia osób, którzy całują. Na tych stronach chcę podać syntezę popularnego uczucia, tego, co ludzie czują, kiedy myślą o pocałunku, czego doświadczają śmiertelnicy, gdy całują”.

Możemy też przeczytać, że publikacja została oparta, oprócz lektury sporej ilości książek, na rozmowach „z wieloma osobami, które mają olbrzymie doświadczenie w tym temacie, a także z wieloma młodymi, którzy uczą się całować na swój sposób”. Z próby syntezy tych doświadczeń powstał tekst „na korzyść całowania”. Autor oczekuje, że strony tej książki „pomogą całować lepiej, że będą motywować cię, by wyzwolić to, co najlepsze z twojej istoty w pocałunku”.

Fernández w rozdziale Lo que dice la calle (Co mówi ulica) pisze, że konsultacji na temat całowania zasięgnął zarówno od poetów, jak i z rozmów z „około tysiącem osób”, z których, jak stwierdza: „niektóre wykazały sporo zainteresowania tematem i opisały rzeczy bardzo piękne; inne po prostu podsumowały wszystko w jednym zdaniu; inne nauczyły mnie rzeczy praktycznych”. Rozmawiał z ludźmi w „barach, szkołach, firmach”.

W liście otwartym z 1 lipca, jaki papież Franciszek skierował do nowego prefekta, nazywa go „bratem” i stwierdza, że „głównym [jego] celem jest strzeżenie nauczania, które wypływa z wiary, aby dać uzasadnienie naszej nadziei, ale nie jako nieprzyjaciele, którzy wskazują i potępiają”. Papież napisał też, że „w innych czasach [Kongregacja Nauki Wiary] używała niemoralnych metod. Były to czasy, kiedy zamiast propagować wiedzę teologiczną, ściganą możliwe błędy doktrynalne”. I dodał: „Od Ciebie oczekuję z pewnością czegoś bardzo odmiennego”.