Nie zważając na grożące niebezpieczeństwa, dominikanie pragnęli powrócić do pracy w Japonii (skąd zostali wyrzuceni z powodu ich skutecznej pracy apostolskiej, która nie podobała się władzom). Alfons w 1610 r. powrócił do Europy, aby zebrać grupę misjonarzy, i podjął starania o wysłanie go do Japonii. Został mianowany wikariuszem prowincjalnym i rok później wraz z grupą misjonarzy udał się w upragnionym kierunku. Korzystając z krótkiego okresu pokoju, rozpoczęli oni pracę. Przez sześć kolejnych lat, pomimo narastającego napięcia, katechizowali i przygotowywali wiernych na czas nieuniknionych prześladowań.

Alfons, chociaż jego posługa misyjna nie trwała długo, wykonał ogromną pracę. Tak jak jego ojciec, św. Dominik, wędrował po całym kraju, nauczając i udzielając chrztu. Nazywany jest Wincentym a Paulo Japonii, ponieważ jako pierwszy podjął się trudnego zadania troski o sieroty i dzieci porzucone przez swoich rodziców.

Pierwszymi ofiarami kolejnej fali prześladowań stali się dwaj kapłani, franciszkanin i jezuita, którzy oddali życie za wiarę w Omurze. Alfons Navarrete i jego towarzysz Ferdynand udali się tam, aby ocalić szczątki męczenników i umocnić mieszkających tam chrześcijan. Porwano ich jednak w drodze do Omury; we trzech - wraz z japońskim młodym katechistą - zostali ścięci mieczem na rozkaz naczelnego dowódcy wojska Tokugawy Yeyasu. Ich ciała wrzucono do morza. Miało to miejsce w roku 1617.

Pięć lat później na jednym ze wzgórz Nagasaki ponad 50 chrześcijan przypieczętowało swoją wiarę przelaniem krwi. Niektórzy z nich zostali ścięci, innych spalono na stosie. Wśród nich było dziewięciu jezuitów (m.in. Karol Spinola), dziewięciu franciszkanów i dziewięciu dominikanów, m.in. bł. Alfons de Mena, Anioł Orsucci i Jacek Orphanel. Podczas tego prześladowania zginął także Ludwik Bertrand, bliski krewny dominikańskiego świętego, który nosił to samo imię i nazwisko.

Wskutek prześladowań w latach 1614-1632 śmierć męczeńską poniosły tysiące chrześcijan w Japonii. Ich przeciwnicy starali się zatrzeć w kraju wszelkie ślady znienawidzonej przez siebie religii. Papież Pius IX w 1867 r. uroczyście beatyfikował 205 męczenników japońskich, wśród których było jedenastu prezbiterów z Europy, siedmiu zakonników oraz dwadzieścia dwie osoby (mężczyźni i kobiety) pochodzące z Japonii. Wszyscy oni byli w ten czy inny sposób włączeni przez profesję do Zakonu Kaznodziejskiego (jako nowicjusze, bracia współpracownicy oraz członkowie Trzeciego Zakonu). Ich towarzyszami w wierze i męczeństwie było sześćdziesięciu trzech członków Bractwa Różańcowego oraz innych dwudziestu dwóch chrześcijan świeckich, z których czworo poniosło śmierć w habicie Zakonu Dominikańskiego. Chociaż nie zginęli oni w tym samym czasie ani w tym samym miejscu, czczeni są wspólnie wraz z bł. Alfonsem Navarrete, pierwszym dominikańskim męczennikiem Japonii. Kolejna grupa męczenników, w tym także dominikanów, poniosła śmierć w Japonii w latach 1633-1637; są oni wspominani w dniu 26 września.