Ojciec Pio był wielce oddany duszom czyśćcowym. W liście z 29 listopada 1910 roku, to jest kilka miesięcy przed swoimi święceniami kapłańskimi, zaadresowanym do jego współbrata kapucyna, ojca Benedetta, jego przewodnika duchowego, napisał:
Od dłuższego czasu odczuwam w sobie potrzebę, aby oddać się Panu jako ofiara za nieszczęsnych grzeszników i za dusze czyśćcowe. Pragnienie to coraz bardziej rośnie w moim sercu, tak bardzo, że teraz stało się ono — powiedziałbym — gwałtowną pasją. Jest prawdą, że uczyniłem tę ofertę Panu wielokrotnie, błagając Go, aby zechciał zesłać na mnie kary, które przygotował dla grzeszników i dla dusz mających się oczyścić, aby nawet je pomnożył stukrotnie, byle tylko nawrócił i zbawił grzeszników, a także przyjął szybko do Raju dusze z czyśćca. Teraz jednak chciałbym ponowić moją ofiarę z Twoim pozwoleniem. Wydaje mi się, że Pan Jezus właśnie tego chce (List I, 206).
Po święceniach kapłańskich, ze względu na ciężki stan zdrowia, Ojciec Pio przebywał w swoim rodzinnym miasteczku Pietrelcinie. Każdego dnia odprawiał Mszę Świętą w parafii lub w kościele San Pio V, zwanym też kościołem Sant'Anna. Proboszczem był ksiądz Salvatore Pannullo, urodzony w 1849 roku. Był to uczony kapłan, magister teologii i filologii. Za darmo dawał prywatne lekcje młodemu bratu Pio, aby pomóc mu w przygotowaniu się do egzaminów na święcenia kapłańskie. W 1924 roku ksiądz Salvatore zaczął mieć problemy ze wzrokiem. Poddał się zabiegowi chirurgicznemu w klinice w Bari, lecz nie wyzdrowiał. Przeciwnie, z dnia na dzień jego stan się pogarszał, aż oślepł całkowicie, co jednak znosił z chrześcijańskim poddaniem. Przed celebracją Mszy Świętej obaj kapłani ubierali się w szaty liturgiczne za głównym ołtarzem, ale pewnego dnia ksiądz Salvatore umieścił je na stole w prezbiterium. Młody ksiądz nie przywiązał zbytniej wagi do tego faktu, ale kilka dni później zapytał o przyczynę tej zmiany. Wtedy ksiądz Salvatore wyjawił, że zmarły ksiądz Giovanni Caporaso, który był proboszczem parafii przed nim, podczas całej Mszy Świętej klęczał za ołtarzem, dokładnie w miejscu w którym zwykli byli nakładać wcześniej szaty liturgiczne. Ksiądz Giovanni był też widziany w kościele San Pio V, w dzielnicy Castello, przez żonę zakrystiana, która poszła tam, aby bić w dzwony przed Mszą św. Gdy otworzyła drzwi kościoła, zauważyła księdza klęczącego na schodkach prowadzących do ołtarza głównego. Przyjrzała mu się uważnie i spostrzegła, że to był właśnie on — zmarły proboszcz. Wewnętrznie poruszona i w strachu pobiegła do parafii przekazać mężowi to, co widziała. Również Ojciec Pio widział księdza klęczącego w tym kościele, ale ponieważ twarzą był zwrócony ku ołtarzowi i nie mógł mu się przyjrzeć, nie przywiązał zbytniej uwagi do tego wydarzenia, myśląc, że był to jakikolwiek ksiądz pogrążony w modlitwie. Ksiądz Giovanni bywał widziany przez około miesiąc. Ostatnim razem zmarły ksiądz powiedział do obecnego proboszcza: „Salvatore, teraz cię zostawiam, już nie wrócę. Jakże to było straszne dla mnie i ile mnie kosztowało uczestniczenie w «procesji Bożego Ciała» po Mszy Świętej, bez odpowiedniego dziękczynienia”.
Ksiądz Salvatore sam wyjaśnił, co miał na myśli zmarły brat. Wszyscy mieszkańcy miasteczka wiedzieli, że ksiądz Giovanni był uczciwym kapłanem, o dobrej duszy, ale że był raczej powierzchowny w składaniu dziękczynienia Panu po odprawionej liturgii. Zwykle od razu po Mszy Świętej wychodził z kościoła i oddawał się rozmową z aptekarzem bądź z jakimś innym znajomym, o polityce albo o ostatnich wydarzeniach. Poprzez słowa „procesja Bożego Ciała” miał na myśli fakt, iż od razu po Mszy Świętej postaci eucharystyczne nie były jeszcze przyswojone przez organizm, były nietknięte, a zatem jego ciało było niczym żywa monstrancja, dlatego powinien płonąć miłością do Jezusa w Eucharystii zamiast rozmawiać o przyziemnych sprawach ze znajomymi, nie dając tym samym dobrego przykładu. Za to zachowanie po śmierci poszedł do czyśćca. Dopiero Ojciec Pio swoimi gorliwymi modlitwami skrócił poczciwemu proboszczowi czas jego sprawiedliwej kary i uwolnił go do czyśćcowych męczarni.(...)
Znów brat Modestino, kapucyn, brat laicki z prowincji Foggia, który podczas różnych pobytów w klasztorach spędził kilka lat u boku Ojca Pio, opowiedział taką historię:
W 1945 roku przebywałem w San Giovanni Rotondo aby towarzyszyć Ojcu Pio. Starałem się czerpać korzyść z mądrych słów wychodzących z jego ust, przechowując je w sercu dla duchowego pożytku. Pewnego wieczora Ojciec Pio wyszedł z prezbiterium po błogosławieństwie eucharystycznym na zakończenie nieszporów. Byłem z nim w korytarzu prowadzącym do jego celi. Na moich ustach spontanicznie pojawiło się pytanie: „Ojcze, co myślicie o ogniu czyśćcowym?”. A on mi odpowiedział: „Gdyby Pan pozwolił duszy na przejście z tego ognia do najbardziej palących płomieni na tej ziemi, byłoby to niczym przejście z gorącej wody do zimnej”. Dokładnie takimi słowami wyraził się Ojciec Pio. Pewna kobieta z Cerignoli, miasta w prowincji Foggia, C. Birulli, pewnego dnia zapytała Ojca Pio: „Ojcze, proszę mi opisać czyściec”. A on natychmiast jej odpowiedział tymi słowami: „Córko moja, dusze z czyśćca wolałyby rzucić się w ogień ziemski, gdyż dla nich byłoby to niczym rzucenie się do źródła świeżej wody”.
Profesor Gerardo De Caro, który był jednym z najbliższych przyjaciół Ojca Pio, napisał:
Któregoś dnia poprosiłem o modlitwę za duszę pewnego pisarza, w okresie młodości bardzo go lubiłem. Nie wyjaśniłem nic więcej. Nie podałem imienia pisarza. Ale Ojciec Pio doskonale zrozumiał, kogo miałem na myśli. Zrobił się czerwony na twarzy, jakby poczuł przykrość, litość i ból cierpienia innych. Ból za tę duszę, której nie brakowało duchowej pomocy i modlitw. Powiedział: «Za bardzo kochał». Gdy zapytałem go — raczej spojrzeniem niż słowami — ile czasu dusza ta miała zostać w czyśćcu, odpowiedział: „Co najmniej sto lat!”. Tego samego wieczoru Ojciec Pio powiedział: „Trzeba modlić się za dusze czyśćcowe. To niewyobrażalne, ile mogą zrobić dla naszego dobra duchowego, przez wdzięczność okazywaną tym, którzy wspominają je na ziemi i modlą się za nie”. Kilka lat później Ojciec Pio rozwinął swoją myśl na ten temat (wydaje mi się, że było to przy okazji sprawy Genoeffy). „Modlitwa tego, który cierpi i ofiarując prosi o łaski Boże dla dobra bliźnich jest milsza Bogu, trafia w głąb serca Bożego”. Modlitwa dusz czyśćcowych jest skuteczniejsza w oczach Boga, gdyż cierpią (jest to cierpienie miłości: wobec Boga, do którego dążą, i wobec bliźniego, za którego się modlą). Inne wydarzenie, które pamiętam bardzo dokładnie, każe mi rozmyślać nad skutecznością modlitwy. Na wstępie chciałbym zauważyć, że wielokrotnie słyszałem jak Ojciec Pio wypowiadał się na temat tego, że przeznaczenie duszy wynika, czy też wręcz zależy, od postawy ducha w ostatnich chwilach przed śmiercią, od tych ostatecznych przebłysków wiary i skruchy, które mogą uratować duszę od niebezpieczeństwa śmierci duchowej. Mówię o tym w sensie pozytywnym, w sensie zbawienia. „Zdziwiłbyś się, ale w raju znajdują się dusze, których nie spodziewałbyś się tam ujrzeć» — powiedział mi pewnego popołudnia, w latach 50., nie pamiętam dokładnie, w którym to było roku. Była ładna pogoda i Ojciec Pio siedział na rozsypującym się murku ogradzającym klasztorny warzywnik. Wielu z nas towarzyszyło mu wtedy po nabożeństwie nieszporów, ale te słowa skierował do mnie. Kilka lat wcześniej, dowiedziawszy się o śmierci pewnej osoby, znanej ze swojego ateizmu (przynajmniej w deklaracjach), z pewnym niepokojem poprosiłem Ojca Pio o modlitwę za nią, ale on odparł: „Przecież już nie żyje!”. Znaczenie słów Ojca Pio odnalazłem nie w sensie, że dusza ta była już zgubiona, ani w sensie, że wszelka modlitwa była daremna. Moją myślą było to, że jego modlitwa mogła zaprowadzić tę duszę na drogę oczyszczenia i zbawienia, post mortem. Powiedziałem: „Ależ ojcze, przecież dla Boga nie istnieje przed ani po: dla Boga istnieje tylko wieczne teraz. Wasza modlitwa może zostać zaliczona do warunków stawianych przez Boga, aby dusza nie zginęła”. To było sedno tego, co powiedziałem, nawet jeśli nie dokładnie tymi słowami. Ojciec zaczerwienił się na twarzy i z uśmiechem na twarzy zmienił temat.
ks. Marcello Stanzione