Józef wstąpił po święceniach do Instytutu Teologii Moralnej, niedawno powstałego w Turynie. Młodzi kapłani prowadzili w nim wspólne życie razem z profesorami. Równocześnie założyciel Instytutu, ks. Alojzy Guala, zaprawiał młodych kapłanów do działalności duszpasterskiej. Uczyli oni opuszczoną młodzież prawd wiary, chodzili do więzień dla nieletnich i dla dorosłych, nawiedzali szpitale, a także towarzyszyli skazanym na śmierć w ostatnich chwilach ich życia. Po śmierci założyciela Instytutu, Józef objął stanowisko rektora. W swojej pracy spotkał ludzi, w przyszłości wyniesionych na ołtarze. Był przewodnikiem duchowym św. ks. Jana Bosko i wspierał w powołaniu swojego siostrzeńca, bł. Józefa Allamano, założyciela Misjonarzy Consolata. W gorących czasach (rewolucja Garibaldiego, koronacja Wiktora Emanuela) Józef Cafasso nie dał się ponieść wirowi politycznemu. Zachęcał kapłanów, aby pilnowali swojego posłannictwa, a nie angażowali się w ruch rewolucyjny.

Z własnej woli nawiedzał więzienia, które w tamtych czasach były miejscami strasznymi. Opowiadał więźniom o Bożej miłości i miłosierdziu. Przez ponad 20 lat towarzyszył skazańcom w drodze na szafot (egzekucje wykonywano publicznie), nazywając ich czule "szubienicznymi świętymi", ponieważ byli wieszani bezpośrednio po spowiedzi. Mieszkańcy Turynu nadali mu przydomek kapelana szafotu.

Po krótkiej chorobie Józef pożegnał ziemię 23 czerwca 1860 r. w wieku zaledwie 49 lat. Najlepiej scharakteryzował go Jan Bosko w jednym z przemówień po jego śmierci: "Był modelem życia kapłańskiego, nauczycielem kapłanów, ojcem ubogich, pocieszycielem chorych, doradcą wątpiącym, pociechą konającym, dźwignią dla więźniów, zbawieniem dla skazanych, przyjacielem wszystkich, wielkim dobroczyńcą ludzkości". Pius XI z okazji beatyfikacji w 1925 r. nazwał Józefa Cafasso "perłą kleru Italii". Pius XII dokonał jego uroczystej kanonizacji w 1947 roku. W roku 1948 tenże papież ogłosił św. Józefa Cafasso patronem więzień i więźniów oraz współpatronem Zgromadzenia Misjonarzy Matki Bożej Bolesnej Pocieszenia (Consolata).