W tym samym roku wstąpił wraz z dziesięcioma swoimi kolegami akademickimi do bernardynów, których cztery lata wcześniej sprowadził do Polski i założył ich pierwszy klasztor w Krakowie św. Jan Kapistran. Niewykluczone, że Szymon widział go i słuchał osobiście, kiedy Jan przez osiem miesięcy przebywał w Krakowie na zaproszenie króla Kazimierza Jagiellończyka. Po roku nowicjatu Szymon złożył śluby zakonne (1458). W Krakowie odbywał swoje studia teologiczne i po roku 1460 otrzymał święcenia kapłańskie.

Szymon musiał wyróżniać się cnotą, wiedzą i powagą, skoro już w roku 1465 - w kilka lat po święceniach - został wybrany gwardianem konwentu w Tarnowie. Z tego powodu wziął udział w kapitule prowincji w Krakowie. W dwa lata później pełnił w Krakowie urząd kaznodziei. Urząd ten w zakonie franciszkańskim był zawsze w wysokim poważaniu. Wybierano na to stanowisko wyjątkowo zdolnych zakonników. Według relacji, jakie nam pozostawiły źródła, Szymon był nie tylko kaznodzieją z urzędu, ale przede wszystkim z powołania. Obowiązek ten miał sprawować przez kilkanaście lat, bo aż do śmierci (1467-1482). Szymon był nie tylko kaznodzieją zakonnym, ale przede wszystkim katedralnym. Dotąd ten zaszczytny i odpowiedzialny urząd pełnili wyłącznie dominikanie i profesorowie teologii Akademii Krakowskiej. Szymon był pierwszym, który przełamał tę tradycję jako bernardyn. Kazania w katedrze wygłaszano do elity umysłowej Krakowa w języku łacińskim. To dowodzi, że Szymon doskonale opanował ten język.

O wielkiej powadze, jaką się cieszył Szymon wśród swoich współbraci, świadczy i to, że został wybrany wraz z kilkunastoma innymi bernardynami delegatem prowincji polskiej, aby uczestniczył w uroczystościach przeniesienia relikwii św. Bernardyna do nowego kościoła wystawionego ku jego czci w Akwilei (1472).

W roku 1474 został wybrany na kapitule prowincji dyskretem, czyli delegatem na kapitułę generalną do Pawii. Wyruszył na nią wraz z ówczesnym prowincjałem Chryzostomem z Ponieca i gwardianem z Krakowa, Marianem z Jeziorka. Przez pewien czas Szymon pełnił także funkcję komisarza prowincjała i w jego imieniu wizytował niektóre konwenty prowincji. Poważnym wydarzeniem w jego życiu była pielgrzymka do Ziemi Świętej (1478/1479). Odbył ją korzystając z okazji, że był uczestnikiem kapituły generalnej w Pawii. Stamtąd udał się do ziemi Chrystusa Pana.

W zakonie odznaczał się surowością życia, nabożeństwem do Najświętszego Sakramentu i Matki Bożej. Umarł posługując chorym podczas zarazy w Krakowie 18 lipca 1482 r. Pogrzeb odbył się w tym samym dniu w godzinach wieczornych. Ciało pochowano w kościele klasztornym pod wielkim ołtarzem, umieszczając je wraz ze szczątkami Tymoteusza i Bernardyna, zmarłych w opinii świętości. W 1488 r. bł. Władysław z Gielniowa, sprawujący wówczas funkcję prowincjała, na podstawie specjalnego breve papieża Innocentego VIII dokonał przeniesienia relikwii Szymona do osobnej kaplicy kościoła, co było wówczas uważane za formalną beatyfikację. Odtąd bowiem można było słudze Bożemu oddawać cześć publiczną. Grobowiec Szymona nawiedzali liczni pielgrzymi, a nagromadzone wota były dowodem jego skutecznego orędownictwa. Zaraz po jego śmierci miało miejsce aż 377 cudownych uzdrowień i łask. Długie zabiegi o formalną beatyfikację doszły do skutku. 24 lutego 1685 roku bł. Innocenty XI ogłosił dekret beatyfikacyjny. Dnia 3 czerwca 2007 r. papież Benedykt XVI kanonizował Szymona z Lipnicy.