Relikwie świętego spoczywają w Kościele św. Andrzeja na Kwirynale w Rzymie. Dwieście lat po kanonizacji sprowadzono do Polski cząstkę jego relikwii. W uroczystościach jubileuszowych wziął udział prezydent RP Ignacy Mościcki. Od 2011 r. część relikwii spoczywa w Parafii św. Stanisława Kostki w Sulechowie. Główne sanktuarium Świętego znajduje się w Rostkowie (Diecezja Płocka). W 1926 r. do kościoła zostały sprowadzone z Rzymu relikwie Świętego patrona młodzieży. 12 maja 2000 r. kościół w Rostkowie został ustanowiony sanktuarium diecezjalnym św. Stanisława Kostki. 

Wkrótce po śmierci Stanisława przyszły kardynał Franciszek Toledo zawołał: "Na Boga, młodzik polski umiera i całe niemal miasto się zbiega! Każdy chce go przynajmniej zobaczyć. Każdy chce ucałować jego zwłoki". Piotr Kanizjusz, który wysyłając Stanisława do Rzymu pełen nadziei napisał: "wielkich rzeczy spodziewamy się po nim", po jego śmierci stwierdził: "Nie zawiodłeś, Polaku. Nie zawiodłeś. Którego ojczyzny nigdy nie zrozumiałem - nie zawiodłeś". 

Szczególnym nabożeństwem do św. Stanisława wyróżniał się św. Robert Bellarmin (+ 1623), który miał jego obrazek nad swoim łóżkiem wraz z wizerunkiem św. Alojzego, którego był kiedyś przełożonym. Św. Franciszek Salezy poświęca naszemu rodakowi przepiękny wstęp w swoim traktacie O miłości Bożej. A oto jak pisze św. Alfons Liguori o naszym Świętym: "Św. Stanisław Kostka napisał list do Matki Bożej, by mógł w Jej święto umrzeć. Przy śmierci całował z rozkoszą obrazek Matki Bożej. Jeden z Ojców spytał: »Na co ta koronka owinięta na ręce?« Na to Stanisław: »Jest mi ona pociechą, bo to przedmiot poświęcony mej Matce«. Ukazała mu się Matka Boża, jak sam to oznajmił. Umarł cicho, że nawet nie spostrzeżono. Dopiero gdy mu podano i pokazano obrazek Matki Bożej, i zauważono, że mimo to nie daje znaku życia, przekonano się, że już uleciał do nieba" (Uwielbienia Maryi). Św. Jan Bosko lubił opowiadać swojej młodzieży wydarzenia z życia św. Stanisława i chętnie stawiał jego osobę za przykład.

Pierwszy z żywotów św. Stanisława Kostki został napisany przez współnowicjusza o. Stanisława Warszewickiego. W rok potem do tego samego nowicjatu jezuitów wstąpił nieśmiertelny kaznodzieja Piotr Skarga (1569). Papież Jan XXIII dla podkreślenia swojej czci dla św. Stanisława osobiście nawiedził jego grób w Rzymie w listopadzie 1962 roku, gdzie spotkał się z polskimi ojcami Soboru Watykańskiego II. Uroczystości 400-lecia śmierci św. Stanisława odbyły się w 1966 roku w Austrii, w 1967 w Polsce a w 1968 - Rzymie. Z tej okazji Episkopat polski wydał specjalną odezwę - słowo pasterskie do wiernych i młodzieży. Papież Jan Paweł II rozpoczął drugie dziesięciolecie swojego Pontyfikatu modlitwą na rzymskim Kwirynale, klęcząc przy sarkofagu polskiego świętego - Stanisława Kostki. Do zebranych gości Namiestnik Chrystusa wypowiedział wiele osobistych myśli i przeżyć. Powiedział wtedy m.in.: „«Żyjąc krótko, przeżył czasów wiele». Wszyscy znamy te słowa, które stanowią syntezę życia naszego Świętego, postaci doprawdy niezwykłej: w tak niedługim czasie zdołał osiągnąć ogromną dojrzałość powołania chrześcijańskiego i zakonnego. Ten święty patron młodzieży polskiej towarzyszył mi od dawna, w czasach młodości i potem, stale. (...) Młodzi dzisiaj mają w Polsce trudną młodość, czasem wydaje mi się, że nie potrafią sprostać wyzwaniom, czasem szukają wyjścia poza Ojczyzną. Dla wszystkich: i tych, co odchodzą z Ojczyzny, i tych, co zostają, niech św. Stanisław Kostka będzie patronem - patronem trudnych dróg życia polskiego, życia chrześcijańskiego. Szukajmy u niego stale wspomożenia dla całej młodzieży polskiej, dla całej młodej Polski”.

W 1604 r. papież Klemens VIII wydał brewe, w którym nazwał Kostkę błogosławionym. Dokument ten stał się podstawą do szerzenia kultu młodego Polaka. Rok później kolejny papież Paweł V ogłosił Stanisława błogosławionym i zezwolił na zawieszenie srebrnych tabliczek i lampy (podarowanej przez kard. Bernarda Maciejowskiego, dawnego kolegę Kostki z Wiednia) przed jego obrazem w kościele na Kwirynale.

W 1670 r. król Michał Wiśniowiecki otrzymał list od papieża Klemensa X, w którym ogłosił on Kostkępatronem Polski i Litwy a jego święto ustanowił na 13 listopada. Stanisław został oficjalnie świetnym dla całego Kościoła Powszechnego w 1726 r. po kanonizacji dokonanej przez papieża Benedykta XIII. O tę kanonizację prosili uczeni, królowie i cesarze ówczesnej Europy. Cesarz Józef I prośbę swoją tak uzasadniał w liście do Papieża: "Nie wątpimy, że Waszej Świątobliwości dostatecznie jest wiadomym, jak bardzo zasługi Stanisława Kostki oddaliły morowe zarazy i liczne niebezpieczeństwa".

Kiedy lud pobożny w narodzie polskim, twardą uci­skany przygodą, odbierał od Boga przez św. Stanisława coraz liczniejsze łaski nadprzyrodzone, które szeroko po narodzie rozgłoszone, budziły w panach polskich, a szczególniej w księdzu Maciejowskim kardynale i arcybisku­pie gnieźnieńskim pobożną żarliwość o wyjednanie u Sto­licy Apostolskiej kanonizacji dla świętego rodaka i pa­trona swojego; wtedy to wymieniony x. Maciejowski, pry­mas Królestwa, a współuczeń św. Stanisława w szkole wiedeńskiej, czynnie działał w roku 1607 na zjeździe piotrkowskim, by sprawy tej nadal nie odkładano; zwła­szcza że Klemens VIII papież w 1604 r. już był wpi­sał Stanisława w poczet błogosławionych wyznawców. Jakoż skrzętnie zaczęto zbierać nowe dowody cudowne do procesu kanonizacji; a skoro te zebrane zostały, za wstawieniem się Józefa cesarza Austrii, Klemens XI papież, uznawszy przedstawione sobie dowody za dosta­teczne, uroczystym dekretem swym, dnia 18 listopada 1714 roku Stanisława Kostkę w poczet świętych Bożych zapisać kazał. Wszakże uroczystą kanonizację dopiero w 1726 roku odprawiono za Benedykta XIII papieża; a lubo dzień 13 listopada, w którym szczęty jego były przeniesione do nowo wystawionego kościoła św. An­drzeja w Rzymie, ku czci św. Stanisława był przezna­czony, jednak naród polski pamiątkę św. Stanisława w niedzielę następną po dniu 13 listopada uroczyście uświęca, na cześć i chwałę Bogu w Trójcy Świętej Jednemu, i na pociechę prawowiernych Polaków. [Żywoty Świętych Patronów polskich, napisał X. Piotr Pękalski Ś. T. Dr. Kan. Stróż Ś. Grobu Chrystusowego. Z ośmią rycinami. Kraków 1862, ss. 542-569.]

Św. Stanisławowi przypisuje się zwycięstwo Polski nad Turkami pod Chocimiem w 1621 r. W dniu bitwy jezuita, o. Oborski, miał widzieć na obłokach Stanisława Kostkę, jak błagał Matkę Bożą o pomoc dla wojsk polskich. dla oręża polskiego. Zwycięstwo to było tym cenniejsze, że rok przedtem (1620) Polacy ponieśli straszliwą klęskę pod Cecorą, gdzie zginął hetman Stanisław Żółkiewski. 

Nie wyliczamy tu innych bardzo ciężkich chorób, utratą nawet życia grożących, od których Bóg wszechmo­cny za przyczyną świętego Stanisława, zwłaszcza w na­rodzie polskim, rozmaite osoby nagle uzdrowić raczył. – Nie możemy wszakże pokryć milczeniem objawu, którym ten święty nasz patron widocznie przybył w pomoc na­rodowi polskiemu, podczas chocimskiej potrzeby. W ro­ku 1622, za panowania Zygmunta III, Osman sułtan tu­recki zagroził całemu chrześcijaństwu zniszczeniem, i w tym zamiarze zgromadził niezliczone swe wojska z Eu­ropy, Afryki i Azji, oprócz tego przyzwał do wojennego wspólnictwa Chana tatarskiego i ku polskim przyciągnął granicom. Nie przeląkł się wcale król Zygmunt doniesie­niem o nadciągnionych hordach barbarzyńców, ale po staropolsku, ufny w ramię Boże, wezwawszy wstawienia się Najświętszej Panny i św. Stanisława Kostki, wysłał czym prędzej niewielką liczbę polskich zastępów, na wstrzy­manie napływu nieprzyjaciela, póki on sam z wojskiem nie nadciągnie. Jakoż, kiedy Polacy mieli już zwodzić bój pod Chocimiem, Stanisław Kostka widocznie ukazał się w powietrzu nad polskim rycerstwem, i tak walne sprawił zwycięstwo, że zamieć turecka tył podała, zostawiwszy na pobojowisku 60000 bisurmanów, a pokój z korzyścią dla Polski został zawarty. [Żywoty Świętych Patronów polskich, napisał X. Piotr Pękalski…]


Za Jana Kazimierza, Chan tatarski najechał Polskę w 15000 pohańców, i już miasto Lublin otoczył; król całą noc strawił na modlitwie w kościele przed wizerun­kiem św. Stanisława Kostki, i uczynił ślub przed roz­poczęciem bitwy, że ten obraz jego złotą ozdobi sukienką. Tej samej nocy, w której się król modlił, szyki nieprzy­jacielskie ujrzały w powietrzu wielką jasnością otoczo­nego młodzieńca w sukni jezuickiej; i w dniu następnym w boju porażone ucieczką się ratowały, a Lublin został oswobodzony. [Żywoty Świętych Patronów polskich, napisał X. Piotr Pękalski…]Przed cudownym obrazem św. Stanisława w katedrze lubelskiej modlił się Jan Kazimierz, przypisując jego wstawiennictwu zwycięstwo pod Beresteczkiem (1651).

Prośby swe słali Zygmunt III Waza, Władysław IV, Michał Korybut Wiśniowiecki i Jan Sobieski, który darzył szczególną czcią św. Stanisława Kostkę. Król Jan III Sobieski tak pisał do sekretarza papieskiego: "albowiem przy wszelkich operacjach wojennych wszyscy byli świadkami, skorośmy wzywali pomocy tego wielkiego Błogosławionego, nigdyśmy nie mieli niepowodzenia, lecz odnosiliśmy natomiast zawsze zwycięstwo bez przykładu i końca".

Stanisław (Staszek) Kostka Stanisław wyznawał zasadę: „ad maiora natus sum"(do wyższych rzeczy zostałem stworzony). Z upodobaniem prowadził ascetyczny tryb życia nie znajdując zrozumienia i akceptacji współlokatorów. Jezuici nie chcieli przyjąć Stanisława do Zakonu - choć wielokrotnie o to prosił. W grudniu 1566 r. Stanisław poważnie zachorował i bardzo pragnął przyjąć Komunię św. W nocy otrzymał wizję jak św. Barbara z dwoma Aniołami przynoszą mu Komunię św. Otrzymał też drugą wizję jak Matka Boża z Dzieciątkiem Jezus pochyla się na Nim i składa Mu w ramiona Dzieciątko. Nazajutrz Stanisław, ku ogólnemu zdziwieniu wstał zupełnie zdrowy z głębokim przeświadczeniem, że Maryja go uzdrowiła i Maryja pragnie, by wstąpił do Jezuitów.

Za czasów króla Zygmunta III Wazy żył w Neapolu sławny ze swej świętości jezuita, o. Juliusz Mancinelli. Odznaczał się szczególnym nabożeństwem do Niepokalanej i świętych po­lskich. 14 sierpnia 1608 r. w wigilię Wniebo­wzięcia Najświętszej Maryi Panny, ukazała mu się Maryja z Dzieciątkiem Jezus. U jej stóp klęczał św. Stanisław Kostka, O. Juliusz nigdy nie widział Matki Bożej w tak wielkim maje­stacie. Pragnął pozdrowić Ją takim tytułem, jakim jeszcze nikt Jej nie uczcił. Wtedy Maryja powiedziała: Dlaczego nie nazywasz mnie Królową Polski? Ja to królestwo bardzo umiłowałam i wielkie rzeczy dla niego zamierzam, ponieważ osobliwą miłością do Mnie płoną jego synowie. W krótkim czasie potem, za pozwoleniem swych przełożo­nych, którzy objawienie to zbadali, o. Mancinelli przekazał tę radosną wiadomość ks. Piot­rowi Skardze i jezuitom w Polsce. Oni z kolei donieśli o tym królowi.

Wszechmogący Boże, który przedziwnym zrządzeniem wybrałeś Świętego Stanisława Kostkę i uzdolniłeś go do wierności Tobie, wejrzyj, na naszą słabość i niestałość. Spraw łaskawie, abyśmy - dzięki wstawiennictwu i opiece Świętego Stanisława - do końca naszego życia w wierności Tobie wytrwali. Amen. 

Święty Stanisławie wstawiaj się za nami, abyśmy mogli szerzyć w naszej Ojczyźnie Królestwo Chrystusa!