W tym czasie w Czechach panował Wacław IV Luksemburczyk. Znany był z hulaszczego życia i swej niechęci do Rzymu. Grabil tez bez skrupułów dobra kościelne. W nim tez kapłan - odstępca, Jan Hus, znajdzie w niedalekiej przyszłości potężnego protektora. Szczególny gniew żywił król wobec arcybiskupa, znanego z gorliwości pasterskiej. By umniejszyć zakres jego władzy, król postanowił utworzyć nowe biskupstwo, wykrojone z archidiecezji praskiej. Skorzystał wiec, ze umierał opat benedyktyński w Kladruby i tam chciał osądzić upatrzonego przez siebie kandydata na biskupa a klasztor zamienić na jego pałac i kurie. Na szczęście zakonnicy dowiedzieli się o tym wystarczająco wcześnie i w miejsce zmarłego opata zdążyli wybrać nowego.

W takiej sytuacji w siec intryg królewskich został wplatany również Jan Nepomucen. Jako wikariusz generalny wysyłał pisma z protestem, w imieniu arcybiskupa natychmiast zatwierdził nowego opata, rzucił klątwę na wicekanclerza królewskiego za to, ze ten dopuszczał się publicznych bluźnierstw i szydził z wiary świętej. Doszło do tego, ze król w przypływie gniewu chciał aresztować biskupa wraz z cala kapituła, a nawet go zgładzić. Na wiadomość o tym biskup ze swoimi prałatami schronił się w swoim zamku w Rudnicach.

Wtedy król umyślił podstęp: zaproponował metropolicie koniec wojny i pokój. Zaprosił wiec biskupa wraz z kapituła na dwór królewski w Pradze. Kiedy zaś ci przybyli, kazał puścić wolno biskupa i jego kapitule a aresztować Jana Nepomucena, prałata Mikołaja Pruchnika i prałata Wacława Knoblocha. Wreszcie pod wieczór wypuścił jeszcze Knoblocha a pozostawił w areszcie Nepomucena i Pruchnika. Obu kapłanów poddano torturom, po których wypuszczono prałata, ale kazano mu złożyć przysięgę, ze nikomu nie powie o zadanych kapłanom mękach. Cała teraz zemstę wywarł Wacław IV na św. Janie Nepomucenie. Poddano go znów wyszukanym mękom. Świadkowie stwierdzili, ze sam król brał udział w tych katuszach, aby w ten sposób nasycić żądze zemsty na Janie i biskupie, którego ten był prawa ręką. Po bestialskich torturach na wpół żywego Jana zrzucono w nocy z mostu Karola IV do Wełtawy. Stało się to ok. 20 marca 1393 roku.

Ciało Kapłana - Męczennika znaleziono dopiero po kilkunastu dniach, 17 kwietnia, i pochowano je tymczasem w kościele św. Krzyża w pobliżu rzeki. Potem przeniesiono jego śmiertelne szczątki do grobowca pod katedra.

W latach późniejszych pojawiła się wiadomość, ze św. Jan Nepomucen zginął w obronie tajemnicy spowiedzi. Pierwsza informacje o tym podał w swojej Kronice historyk austriacki Tomasz Ebendorfer z Haselbach (ok. 1450). Pisze on, ze Święty był indagowany przez króla w sprawie wydania grzechów jego małżonki, której Jan był spowiednikiem. Historyk ten słyszał o tym w Pradze, kiedy tam się znalazł w roku 1433. Podobna opinie wyraża także kanonik Paweł Zydek w swoim dziele Spravovna, wydanym w roku 1477. Niestety, autorzy nie podają źródeł, z których zaczerpnęli te informacje.

Ciało Świętego spoczywa w katedrze św. Wita w Pradze. Jest rzeczą ciekawa, ze podobnie jak język św. Antoniego w Padwie, tak i język św. Jana zachował się cało po nasze czasy.

Św. Jan Nepomucen jest patronem dobrej spowiedzi, spowiedników i penitentów.