Gdy w 1921 roku zaczęto we Lwowie organizować katolickie stowarzyszenie młodzieży "Odrodzenie", Jan Czartoryski był jednym z jego założycieli. Od 1923 roku był współorganizatorem wakacyjnych kursów "Odrodzenia". Od tego czasu był również regularnym uczestnikiem rekolekcji zamkniętych organizowanych przez związek. W 1924 roku odbył własne rekolekcje w klasztorze redemptorystów w Krakowie pod kierunkiem o. Bernarda Łubieńskiego.

W 1926 roku, po długich wakacjach spędzonych w podróży po Francji i Belgii, Jan wstąpił do seminarium duchownego obrządku łacińskiego we Lwowie. Po krótkim pobycie w seminarium opuścił je, a w rok później, 18 września 1927 roku, przyjął w Krakowie w kaplicy św. Jacka habit dominikański i rozpoczął nowicjat. W zakonie otrzymał imię Michał. Po roku złożył śluby zakonne. Już w trzy lata później otrzymał święcenia kapłańskie. Po ukończeniu studiów teologicznych został wychowawcą najpierw braci nowicjuszy, a potem studentów. To trudne i odpowiedzialne zadanie wypełniło większość jego życia zakonnego. Oprócz tego przez jakiś czas był odpowiedzialny za budowę nowego klasztoru na warszawskim Służewie. Gromadził wokół siebie środowiska inteligencji, zajmował się III Zakonem św. Dominika, głosił rekolekcje. Wiosną 1944 r. został skierowany do klasztoru na Służewie w Warszawie.

Wybuch Powstania Warszawskiego zaskoczył o. Michała na Powiślu. Ponieważ w wyniku walk została odcięta możliwość powrotu do klasztoru, zgłosił się do dowództwa walczącego na Powiślu III Zgrupowania AK "Konrad" i został kapelanem powstańców. Większość czasu spędzał w szpitalu zorganizowanym w piwnicach firmy "Alfa-Laval" u zbiegu ulic Tamka i Smulikowskiego, opiekując się rannymi, niosąc otuchę i posługę duszpasterską. W zorganizowanej przez siebie kaplicy odprawiał msze.

W nocy z 5 na 6 września 1944 r. odziały III Zgrupowania AK "Konrad" wycofały się z Powiśla do Śródmieścia. W szpitalu pozostali ciężko ranni żołnierze, kilka osób z personelu medycznego, cywile i o. Michał. Po wkroczeniu oddziałów niemieckich cywile oraz sanitariuszki zostali wyprowadzeni z piwnic i mogli opuścić miasto. Ojciec Michał był gorąco zachęcany przez przyjaciół, aby zdjął habit i w cywilnym ubraniu wyszedł ze szpitala. Nie przyjął tych propozycji; jak przekazał jeden ze świadków, "łagodnie uśmiechnął się i powiedział, że szkaplerza nie zdejmie i rannych, którzy są zupełnie bezradni i unieruchomieni w łóżkach nie opuści". Niemcy zatrzymali go w szpitalu. Około godziny 14 w szpitalnym pomieszczeniu został rozstrzelany wraz z ciężko rannymi powstańcami, z którymi pragnął pozostać. Ciała zabitych wywleczono na barykadę, oblano benzyną i podpalono. Ocalałe resztki pochowano tymczasowo na podwórzu pobliskiego domu. Kiedy w rok później przeprowadzono ekshumację szczątek w celu przeniesienia ich do wspólnego grobu powstańców na Woli, ciała o. Michała już nie rozpoznano.

Został beatyfikowany przez św. Jana Pawła II 13 czerwca 1999 r. w Warszawie w gronie 108 męczenników II wojny światowej.