W latach 1954-1965 Alek Popiełuszko uczęszczał do Szkoły Podstawowej oraz Liceum Ogólnokształcącego w Suchowoli. W kościele parafialnym, odległym od domu o kilka kilometrów, od 11. roku życia był ministrantem i służył do Mszy św. codziennie przed lekcjami w szkole. Uzyskawszy świadectwo maturalne, zgłosił się 24 czerwca 1965 r. do Wyższego Metropolitalnego Seminarium Duchownego św. Jana Chrzciciela w Warszawie, gdzie przez siedem lat przygotowywał się intelektualnie i duchowo do przyjęcia święceń kapłańskich. Podczas tych studiów musiał odbyć dwuletnią służbę wojskową w specjalnej jednostce dla kleryków w Bartoszycach. Z tego okresu znany jest fakt mężnej postawy alumna Popiełuszki, który nie pozwolił odebrać sobie medalika i różańca, za co był szykanowany przez tamtejsze władze wojskowe. Celem tych szykan i obostrzeń w służbie było zniechęcanie żołnierzy-kleryków do kontynuowania drogi powołania kapłańskiego.

Po powrocie do seminarium musiał poddać się operacji tarczycy, leczył się też z powodu choroby serca. W pewnym momencie był w tak ciężkim stanie, że koledzy kursowi całą noc modlili się w jego intencji (18 kwietnia 1970 r.). Przeżycia w wojsku, choroba i pobyt w szpitalu bardzo zbliżyły go do kolegów oraz w szczególny sposób uwrażliwiły na potrzeby, cierpienia i krzywdy bliźnich. Stał się opiekuńczy i zatroskany, zwłaszcza o chorych.
W dniu 12 grudnia 1971 r. otrzymał święcenia subdiakonatu, a 12 marca 1972 r. - diakonatu. Święcenia kapłańskie przyjął z rąk kardynała Stefana Wyszyńskiego dnia 28 maja 1972 r. w bazylice archikatedralnej św. Jana Chrzciciela w Warszawie. Jako neoprezbiter został skierowany do pracy duszpasterskiej i katechetycznej najpierw w parafii Świętej Trójcy w Ząbkach koło Warszawy, gdzie pracował trzy lata (1972-1975), a następnie do parafii Matki Bożej Królowej Polski w Warszawie-Aninie. Po kolejnych trzech latach, 20 maja 1978 r., został przeniesiony na wikariat do parafii Dzieciątka Jezus w Warszawie na Żoliborzu, skąd 25 maja 1979 r. władza archidiecezjalna skierowała go do pracy duszpasterskiej przy kościele akademickim św. Anny w Warszawie. Prowadził tam konwersatoria dla studentów medycyny, organizował rekolekcje i obozy o charakterze rekolekcyjnym oraz kierował duszpasterstwem pielęgniarek w kaplicy Res Sacra Miser. Był członkiem Krajowej Konsulty Duszpasterstwa Służby Zdrowia, a na terenie archidiecezji warszawskiej - diecezjalnym duszpasterzem środowisk medycznych. Dnia 6 października 1981 r. podjął się także opieki duszpasterskiej nad chorymi w Domu Zasłużonego Pracownika Służby Zdrowia w Warszawie przy ul. Elekcyjnej 37, urządzając tam własnym sumptem kaplicę i stając się na mocy nominacji kurialnej kapelanem.

Ostatnim miejscem zamieszkania i pracy ks. Jerzego Popiełuszki od 20 maja 1980 r. była parafia św. Stanisława Kostki w Warszawie na Żoliborzu, gdzie jako rezydent pomagał w pracy parafialnej i zajmował się duszpasterstwem specjalistycznym. Między innymi kierował zebraniami formacyjnymi grupy studentów Akademii Medycznej, był duszpasterzem średniego personelu medycznego (pielęgniarek) oraz co miesiąc urządzał dla lekarzy spotkania modlitewne.
Na podkreślenie zasługuje udział ks. Jerzego Popiełuszki w przygotowaniu dwóch wizyt papieskich w Ojczyźnie (w 1979 i 1983 r.). W obydwu przypadkach, wbrew sprzeciwom władz komunistycznych i Służby Bezpieczeństwa, był faktycznym przewodniczącym Sekcji Sanitarnej Komitetu Przyjęcia Jana Pawła II w Warszawie i ze swoją kilkusetosobową grupą medyczną roztaczał z ramienia Kościoła opiekę zdrowotną nad uczestnikami pielgrzymek.
Oddzielną kartę życia ks. Jerzego, która doprowadziła go do palmy męczeństwa, było jego bezkompromisowe zaangażowanie się w duszpasterstwo świata pracy, zarówno w okresie tworzenia się "Solidarności", jak i później, gdy trwał stan wojenny w Polsce oraz po jego zniesieniu. Pomimo szykan ze strony czynników państwowych i esbeckich oraz pomówień i oszczerstw w środkach masowego przekazu, był rzecznikiem i obrońcą godności człowieka, praw ludzkich do wolności, sprawiedliwości, miłości i prawdy, a także heroldem Pawłowego i papieskiego nauczania, że zło należy zwyciężać dobrem. Prawdy te głosił wraz ze swym proboszczem - ks. prałatem Teofilem Boguckim - przede wszystkim podczas nabożeństw za Ojczyznę, urządzanych w kościele św. Stanisława Kostki na Żoliborzu od czasu ogłoszenia stanu wojennego we wszystkie ostatnie niedziele miesiąca. Pierwsza taka Msza św. została odprawiona 28 lutego 1982 r.

Serdeczne więzy ks. Popiełuszki ze światem pracy, zwłaszcza z pracownikami Huty Warszawa, zadzierzgnięte zostały w sposób niemal przypadkowy, ale opatrznościowy i nieodwracalny. Gdy w sierpniu 1980 r. doszło do strajku w Hucie Warszawa, pięciu przedstawicieli tej Huty przybyło do rezydencji arcybiskupów warszawskich, prosząc kardynała Stefana Wyszyńskiego, ażeby przyjechał do nich lub wyznaczył im jakiegoś kapłana do odprawienia Mszy świętej. Twierdzili, że prawie wszyscy strajkujący wewnątrz Huty są katolikami i pragną uczestniczyć w niedzielnej liturgii mszalnej, ale ze względu na sytuację - nie mogą opuścić miejsca pracy. Była to pierwsza niedziela, około godziny ósmej, kiedy strajkowały już Gdańsk, Szczecin i śląskie kopalnie. Prymas Polski, nie mogąc ze względu na inne zaplanowane zajęcia osobiście odprawić tej Mszy świętej, zlecił swojemu kapelanowi - ks. prałatowi Bronisławowi Piaseckiemu: "Poszukaj księdza". Ks. kapelan udał się niezwłocznie na pobliski Żoliborz, do kościoła św. Stanisława Kostki, i propozycję pójścia do Huty przedstawił pierwszemu napotkanemu kapłanowi - ks. Jerzemu Popiełuszce. Ks. Jerzy chętnie przyjął propozycję i, po porozumieniu się z proboszczem, wyruszył do Huty. Był to początek kolejnej formy jego duszpasterstwa - duszpasterstwa, które zakończyło się jego męczeńską śmiercią.
Kiedy w 1981 roku strajkowały uczelnie wyższe, ks. Jerzy Popiełuszko roztoczył opiekę duszpasterską nad studentami warszawskiej Akademii Medycznej i jednocześnie nad słuchaczami Wyższej Oficerskiej Szkoły Pożarniczej, gdzie protest miał dramatyczny przebieg. Kiedy 2 grudnia 1981 r. władze dokonały pacyfikacji WOSP w Warszawie przy użyciu helikopterów i sprzętu bojowego (co stanowiło swoiste preludium do wprowadzenia za kilka dni stanu wojennego), ksiądz Jerzy był w gmachu uczelni.

Władze komunistyczne nasiliły szykanowanie kapłana. Był wielokrotnie przesłuchiwany w prokuraturze, zatrzymywany i aresztowany. Przedstawiono mu nawet akt oskarżenia, w którym zarzucano mu, że działał na szkodę interesów PRL, ponieważ nadużywając funkcji kapłana czynił z kościołów miejsce propagandy antypaństwowej (sąd umorzył postępowanie w sierpniu 1984 r.). Prasa reżimowa nasiliła ataki drukując liczne oszczercze artykuły, mające skompromitować kapelana Solidarności (opisywano rzekome nadużycia finansowe i skandale obyczajowe).
Ksiądz Jerzy nie zaprzestał swojej działalności. Oprócz Mszy św. za Ojczyznę, zainicjował w 1982 r. pielgrzymkę robotników Huty Warszawa na Jasna Górę, która przerodziła się wkrótce w Ogólnopolską Pielgrzymkę Ludzi Pracy. W końcu władze zdecydowały się na ostrzejsze działania. 13 października 1984 r. milicja usiłowała doprowadzić do wypadku drogowego, w którym ks. Jerzy miał zginąć; akcja ta nie powiodła się. Kolejną próbę podjęto kilka dni później.

Kiedy późnym wieczorem dnia 19 października 1984 r. ks. Jerzy wracał samochodem z posługi duszpasterskiej w Bydgoszczy, został zatrzymany przez trzech funkcjonariuszy Ministerstwa Spraw Wewnętrznych (Wydział do walki z Kościołem) i uprowadzony. Stało się to na szosie w Górsku niedaleko Torunia. Niemal cudem ocalał kierowca - pan Waldemar Chrostowski, jedyny świadek bandyckiego porwania, który, chociaż skuty kajdankami, wyskoczył z pędzącego samochodu i niezwłocznie powiadomił władze kościelne i społeczeństwo o dokonanym przez przedstawicieli władz komunistycznych bezprawiu. Nastało wtedy dziesięć dni modlitewnego oczekiwania na powrót kapłana w wielu świątyniach kraju, zwłaszcza w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie. Niestety, w dniu 30 października 1984 r. ze sztucznego zbiornika wodnego przy tamie na Wiśle koło Włocławka milicja wyłowiła ciało ks. Jerzego Popiełuszki. Sekcja zmasakrowanego ciała została przeprowadzona w Białymstoku, ale pogrzeb, zgodnie z wolą katolickiego społeczeństwa, odbył się w Warszawie 3 listopada 1984 r. Ks. Jerzy Popiełuszko został pochowany w grobie przy kościele św. Stanisława Kostki. Obrzędom pogrzebowym przewodniczył i okolicznościowe kazanie wygłosił kardynał Józef Glemp, Prymas Polski. W pogrzebie uczestniczyło wielu biskupów, kilkuset kapłanów oraz prawie milion wiernych, w tym setki pocztów sztandarowych spod znaku "Solidarności" z całego kraju.

Przekonanie duchowieństwa i wiernych o męczeńskiej śmierci ks. Jerzego Popiełuszki za wiarę spowodowało, że kardynał Józef Glemp, arcybiskup metropolita gnieźnieński i warszawski oraz Prymas Polski, wystarał się o potrzebne zezwolenie Stolicy Apostolskiej i powołał archidiecezjalny trybunał, który zajął się procesem beatyfikacyjnym ks. Jerzego. Proces ten na szczeblu diecezjalnym trwał od 8 lutego 1997 r. do 8 lutego 2001 r. Następnie akta procesu zostały przewiezione do Stolicy Apostolskiej i poddane dalszym badaniom w Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych. 6 czerwca 2010 r. w Warszawie odbyła się beatyfikacja ks. Jerzego Popiełuszki. Jego liturgiczne wspomnienie wyznaczono na 19 października - w dniu jego narodzin dla nieba.