W swoim wystąpieniu były szef SWW podkreślił, że wyrok Trybunału Konstytucyjnego, który wskazał na wątpliwości co do legalności działania komisji, powinien być respektowany. „Dla mnie orzeczenie TK jest wiążące” – zapewniał Kowalski, sugerując, że od momentu wydania tego wyroku, dalsze posiedzenia powinny zostać zawieszone. Jego zdaniem kontynuowanie prac komisji może tylko pogłębić istniejące problemy i wywołać kolejne niejasności prawne.

Andrzej Kowalski zwrócił również uwagę na istotną kwestię, jaka dotyczy łączenia działalności wywiadowczej z wykorzystaniem systemu Pegasus. Według niego, to narzędzie nie może być traktowane jako element operacyjnej kontroli, gdyż zadania wywiadu i kontrwywiadu w Polsce ograniczają się do zbierania i analizowania informacji, a nie do bezpośredniego śledzenia podejrzanych metodami zbliżonymi do podsłuchu. Podkreślił, że przypisywanie wywiadowi funkcji operacyjnych jest sprzeczne z uchwałą sejmową oraz dotychczasową praktyką funkcjonowania polskich służb specjalnych.

W obliczu rosnącego zagrożenia ze strony państw o agresywnych zamiarach, takich jak Rosja, Kowalski ostrzegał przed zamrożeniem kluczowych kwestii związanych z nowoczesnymi technologiami w służbach specjalnych. Jego zdaniem, ograniczenie dostępu do najnowszych rozwiązań technologicznych sprawi, że polski wywiad stanie się „bardziej ślepy na jedno oko i bardziej kulawe na jedną nogę”, co w dłuższej perspektywie może zagrażać bezpieczeństwu narodowemu.

Były szef SWW zauważył też, że w obecnych rozgrywkach politycznych służby specjalne często stają się przypadkowymi ofiarami sporów, które nie mają bezpośredniego związku z ich misją. Wspomniał, że dotychczasowe afery podsłuchowe wykorzystywały podobne mechanizmy politycznych nacisków, co niejednokrotnie narażało te instytucje na krytykę oraz obniżało ich efektywność.

Podsumowując, Andrzej Kowalski stanowczo postuluje, aby wszelkie kontrowersje związane z użyciem systemu Pegasus były rozstrzygane przez odpowiednie organy ścigania, a nie przez komisje, które zdaniem byłego szefa SWW, mogą nie mieć odpowiednich kompetencji ani narzędzi do rzetelnego przeprowadzenia takich dochodzeń. W jego opinii, wyjaśnienie wszystkich wątpliwości leży w gestii prokuratury, która dysponuje środkami niezbędnymi do prowadzenia tego typu spraw.