Dominik zabrał się zaraz do przeprowadzenia reformy na wzór opactwa w Cluny. Bóg pobłogosławił dziełu: szybko pomnożyła się liczba zakonników. Opat naprawił walące się zabudowania, urządził wielkie skryptorium do przepisywania tak bardzo potrzebnych ksiąg. Niektóre ze sporządzonych tam iluminowanych rękopisów po dziś dzień można podziwiać w British Museum. Skutecznie działał na rzecz jeńców chrześcijańskich, pozostających w niewoli u Maurów. Ubogich ludzi zajął rzemiosłem, które równocześnie było zapleczem dla opactwa. Zostawił klasztor zasobny, promieniujący dokoła wysoką kulturą, a nade wszystko z dobrym, zakonnym duchem.

Zmarł 20 grudnia 1072 roku. Kronikarz pisze, że przy jego grobie działy się cuda. Dlatego biskup nakazał przenieść uroczyście ciało opata do kościoła opactwa w 1076 r. Kult Dominika z Silos Stolica Apostolska zatwierdziła w 1720 roku, zaś w 1748 roku jego imię zostało wpisane do Martyrologium Rzymskiego. Kult Świętego jest żywy w Hiszpanii. Ku jego czci wzniesiono dziesiątki kościołów. Wśród cudów i łask, otrzymanych za pośrednictwem św. Dominika, wspomina się między innymi to, że bł. Joanna z Azy uprosiła sobie syna. Z wdzięczności nadała mu imię Dominik. Był nim św. Dominik Guzman, założyciel Zakonu Kaznodziejskiego (dominikanów).