Wkrótce potem podjął studia teologiczne w Rzymie, zakończone doktoratem. Po powrocie do kraju pracował w przemyskim seminarium, gdzie wykładał teologię dogmatyczną. Jego posługa profesorska była owiana duchem głębokiej wiary i umiłowaniem prawdy. W modlitwie najczęściej szukał mądrości Ducha Świętego. W latach 1928-1934 piastował urząd rektora.

Po przejściu na emeryturę wiele czasu poświęcał na posługę spowiedzi. Jeszcze jako młody ksiądz założył dom opieki dla prostytutek - z tego powodu wielokrotnie rzucano na niego oszczerstwa. Po wkroczeniu do Przemyśla Sowietów w czasie II wojny światowej dom ten został zlikwidowany. Jan Balicki zmarł w Przemyślu w opinii świętości 15 marca 1948 r.

Po siedmiu latach, 31 października 1955 r. - zgodnie z powszechnym życzeniem - ciało ks. Jana przeniesiono do osobnego grobowca. W 1959 r. przemyskie seminarium duchowne poprosiło biskupa Franciszka Bardę o rozpoczęcie procesu beatyfikacyjnego. W 1963 r. wszystkie akta przesłano do Rzymu, gdzie po zbadaniu zeznań świadków i analizie pism ks. Jana ogłoszono dekret o heroiczności jego cnót (grudzień 1994 r.). Osobę ks. Balickiego dawał za wzór kapłanom kardynał Karol Wojtyła, który w 1975 roku pisał o nim: "W czasach, gdy Kościół poszukuje nowych wzorów duchowości dla kapłana diecezjalnego, w sytuacji, gdy wśród samych kapłanów zdarzają się kontestacje, niewierności oraz tendencje, by poszukiwać rzeczy materialnych bardziej niż duchowych, sługa Boży może być przedstawiony jako model życia kapłańskiego. W osobie ks. Balickiego kapłani mogą znaleźć wzór, w jaki sposób połączyć działalność duszpasterską z codzienną kontemplacją tajemnicy Boga".

Już jako papież dokonał beatyfikacji ks. Balickiego w sierpniu 2002 roku podczas Mszy świętej na krakowskich Błoniach. Powiedział m.in.:

Służbą miłosierdziu było życie błogosławionego Jana Balickiego. Jako kapłan miał zawsze otwarte serce dla wszystkich potrzebujących. Jego posługa miłosierdzia przejawiała się w niesieniu pomocy chorym i ubogim, ale szczególnie mocno wyraziła się przez posługę w konfesjonale. Zawsze z cierpliwością i pokorą starał się zbliżyć grzesznego człowieka do tronu Bożej łaski.

Wspominając o tym, zwracam się do kapłanów i seminarzystów: proszę was, bracia, nie zapominajcie, że na was, szafarzach Bożego miłosierdzia, spoczywa wielka odpowiedzialność, ale też pamiętajcie, że sam Chrystus umacnia was obietnicą, którą przekazał przez św. Faustynę: "Powiedz Moim kapłanom, że zatwardziali grzesznicy kruszyć się będą pod ich słowami, kiedy będą mówić o niezgłębionym miłosierdziu moim, o litości, jaką mam dla nich w sercu swoim" (Dzienniczek, 1521).