Filozof gościł w podcaście edukacyjnym „Rzeczpospolitej”, gdzie komentował spór pomiędzy Komisją Episkopatu Polski a rządem Donalda Tuska ws. nauczania religii w polskich szkołach. W przekonaniu duchownego, strony sporu skupiają się na kwestiach technicznych, nie dotykając istoty problemu.

- „Jeśli słucham rozmów między ministerstwem (edukacji - przyp. red.), panią ministrą Barbarą Nowacką, a biskupami katolickimi, także przedstawicielami innych kościołów, ciągle nie słyszę w tej dyskusji o podstawowym rozgraniczeniu między lekcją religii a katechezą. W związku z tym nie wiem, co będzie ostatecznie po 1 września bieżącego roku w szkołach - czy to będzie lekcja religii z nową podstawą programową czy to będzie dalej katecheza, a może hybryda, mieszanka, trochę tego, trochę tego, w zależności jaka szkoła i jacy katecheci”

- powiedział ks. prof. Kobyliński.

- „Powtarzam, że spór toczy się o kwestie bardzo techniczne, natomiast w ogóle nie jest podjęta sprawa arcyważna, podstawowa, fundamentalna - czego my chcemy uczyć w naszych szkołach, gdy chodzi o wychowanie religijne"”

- dodał.