Obraz, który od XVII wieku cieszy się niesłabnącym kultem, stanowi kopię obrazu Matki Bożej Salus Populi Romani z bazyliki rzymskiej. Namalowany został w 1640 roku przez niderlandzkiego malarza Bartłomieja Pensa i umieszczony w Świętej Lipce.

Początki sanktuarium i kultu Matki Bożej są jednak wcześniejsze i sięgają XIII wieku. Tradycja wspomina o skazańcu w Kętrzynie, który w przeddzień egzekucji miał otrzymać od Matki Bożej polecenie, by wyrzeźbił Jej wizerunek, za co Ona okaże mu swe miłosierdzie. Skazaniec pracował całą noc i z klocka drzewa wykonał piękną rzeźbę Matki Bożej. Był to człowiek, który dotąd nie miał nic wspólnego z rzeźbieniem. Sędziowie uznali to za szczególny znak łaski Bożej i następnego ranka ułaskawiono skazańca. Wracając z więzienia, umieścił on figurę na przydrożnej lipie w okolicy Reszla.

Miejscowa ludność otoczyła szczególną czcią wspomnianą rzeźbę; wybudowano kapliczkę. Krzyżacy, po przejściu na protestantyzm, zaczęli prześladować przybywających tutaj pielgrzymów. Zniszczyli nawet kapliczkę, a świętą figurkę porąbali, dla nieposłusznych zaś pątników - którzy mimo zakazów przybywali tutaj modlić się i oddawać cześć Matce Bożej - wystawili szubienicę.

Zmiana sytuacji nastąpiła w XVII wieku, kiedy to energiczne wystąpienia dworu króla polskiego zmusiły pruskich lenników do szanowania wolności religijnej wśród Polaków zamieszkujących te ziemie. Kult maryjny zaczął się z powrotem rozwijać; w 1639 roku przybyli do Świętej Lipki jezuici. Sprowadził ich tutaj sekretarz króla polskiego Zygmunta III Wazy, Stefan Sandorski, który też był fundatorem odbudowanej kaplicy. Wtedy zaczyna się prawdziwy "złoty wiek" tego sanktuarium, odżywają tradycje pielgrzymkowe; ściągają Polacy z różnych stron kraju, zwłaszcza z Mazur, Warmii i Kurpi. Właśnie wtedy jezuici umieścili tutaj wspomniany poprzednio obraz, który wkrótce zasłynął łaskami.

Rektor kolegium jezuickiego w pobliżu Reszla podawał, że w latach 1640-1658 odnotowano ok. 600 cudownie wysłuchanych próśb uleczeń, nie mówiąc o nieprzeliczonych łaskach wewnętrznych, których nie notują żadne statystyki. Przybywali tu królowie polscy: Zygmunt III, Władysław IV, Jan Kazimierz, Jan III Sobieski. Wśród paramentów liturgicznych znajduje się ornat własnoręcznie haftowany przez żonę Jana III - królową Marysieńkę.

Wkrótce kaplica okazała się za mała. W 1681 r. jezuici przystąpili do budowy nowej, okazałej świątyni. Ofiary na ten cel napływały z całej Polski. Konsekracji dokonał w 1693 roku biskup warmiński Stanisław Zdąbski. Z chwilą rozbiorów Święta Lipka stała się, obok Gietrzwałdu, główną oazą polskości i wiary dla mieszkańców Warmii i Mazur. Mówiono wówczas: "Czym Częstochowa dla Polski i Ostra Brama dla Litwy, tym Lipka dla Warmii i Mazur". Przez cały okres zaborów byli w tym sanktuarium polscy kaznodzieje i aż do hitlerowskiego zakazu w 1939 roku głoszono tu kazania w języku polskim. Do 1939 roku działała tu także polska szkoła.

Dla miłośników sztuki świętolipska świątynia jest jednym z najwspanialszych zabytków baroku w architekturze, rzeźbie i malarstwie. Została uznana za najpiękniejszy kościół barokowy w Europie północno-wschodniej. Dodatkową atrakcją są przepiękne organy ze sceną przedstawiającą Zwiastowanie Najśw. Maryi Panny. W świętolipskiej szkole muzycznej uczył się wielki syn Warmii - Feliks Nowowiejski; improwizował na miejscowych organach. Z murów starej świątyni wyszła też muzyka Nowowiejskiego do słów Roty Konopnickiej: "Nie rzucim ziemi, skąd nasz ród". Jednakże przepyszny barok nie może przesłonić cichej, dyskretnej rzeczywistości, że tutaj właśnie Maryja obrała sobie miejsce. Po II wojnie światowej powrócili jezuici i objęli opiekę nad sanktuarium, którego szczególnym charyzmatem jest wspólność pielgrzymowania oraz modlitwy protestantów i katolików.

Dzień 11 sierpnia 1968 roku przeszedł do historii sanktuarium jako szczególny; w tym bowiem dniu Prymas Tysiąclecia, kard. Stefan Wyszyński, dokonał koronacji cudownego obrazu Matki Bożej Świętolipskiej. Jednym z uczestników tego aktu był także metropolita krakowski, kard. Karol Wojtyła. W uroczystości wziął udział prawie cały Episkopat Polski.